tisdag 31 juli 2018

BARA NÅGRA BILDER FRÅN COLLIE-SM

Från genetikern som skrev om habsburgarnas undergång kom ett förvånande mail. Det bara låg där i inboxen med ett besked som måste undersökas. I väntan på att det ska bli möjligt, och i väntan på ett annat besked som har med CEA att göra, några enkla foton från Collie-SM.
Det var fruktansvärt varmt, men jag såg inga hundar som var illa påverkade. Sådana ser jag här med jämna mellanrum, små kortnosar som steg för steg plågar sig fram på asfalten och andas så att man blir rädd. Gissningsvis är det säkrare för en hund, även en med mycket päls, att vara vältränad och i sällskap med hundvana och uppmärksamma människor, när det handlar om ansträngning i hetta.

Jag såg inte så mycket av själva tävlandet och vet inte riktigt vem som vann vad, men jag såg ett antal människor och ett antal hundar, som hade bra kontakt med varandra och som var glada. Inte bara på prispallen.



På kvällen bodde vi på ett gammalt torpställe långt upp i skogen och umgicks med hundfolk och hundar - fram mot midnatt var det drägligt svalt. Hundarna trivdes i varandras sällskap...


... och man fick tillfälle att se den där genetiska variationen. Två vackra herrar, bara vackra var och en på sitt sätt.


Sist på kvällen kunde man gå iväg och se en lagotto plumsa omkring i sjön vid torpet. Eller bara sitta och se ut över vattnet.


Eller titta på den enda icke torkskadade blomman.


Ja, det där var vårt Collie-SM. Det och ett par svängar runt en fantastisk agilitybana. Stort tack till alla som jobbade och slet med att ordna det för oss andra!

Bodil Carlsson

onsdag 25 juli 2018

KNOCKOUTEN

1989 var året då någon för första gången avsiktligt lyckades omintetgöra en enskild gen hos en annan levande varelse. Offret var som vanligt en laboratoriemus och hjälten fick nobelpriset i medicin 2007. Då, åtta år senare, var experimenterandet med s k knockoutmöss redan i full gång i labben runtom i världen. Varenda gång man lyckas slå ut en gen, har man ju skaffat sig möjligheten att upptäcka vad genen är till för. Vad händer med dem som inte har den?
Det är bara att vänta och se.


Någon gång i början på 90-talet gjorde några forskare just detta. De hade lyckats plocka bort en speciell gen från ett antal möss och stod förväntsfulla framför burarna i forskningslabbet. Vilket ont öde skulle drabba mössen? Hemska missbildningar? Sjukdomar? Ofruktsamhet? Korta och ömkliga liv?
De blev kanske lite besvikna, forskarna. Mössen utan genen levde lika bra och lika länge som mössen i originalversion i buren intill. De åt, sprang omkring, umgicks, parade sig och fick ungar lika prompt som grannarna, så experimentet såg inte ut att leda till någon uppseendeväckande ny insikt om varför möss bär omkring på just den genen. De levde skapligt bra utan den och så höll det på till den dag då labbet fick ohyra. Som alla labb hade det här labbet fastlagda rutiner för hur man åtgärdar ohyran och följde sina rutiner – man rengjorde och skurade och så avslutade man med att spraya burarna med ett ganska nytt preparat, som hade lagts till i rutinen.
Nästa dag var alla de genmodifierade mössen döda. Deras hjärnor hade halter på upp till 100 gånger mer av det nya medlet än grannarnas hjärnor.
Preparatet var ivermectin och det var så man upptäckte poängen med genen som vi nu kallar MDR1.

Rapporten om den här händelsen publicerades 1993. Den följdes snabbt av hundratals studier av MDR1 och det protein som den producerar. En veterinärmedicinsk forskare insåg, att det som hände med knockoutmössen påminde om det som hade hänt vissa hundar, som behandlats med ivermectin eller liknande nya preparat. Tio år efter ivermectinets intåg hade amerikanska veterinärer redan hunnit få ett nytt talesätt: ”White feet – don´t treat!” Avmaska inte de vittassade vallhundsraserna med Ivomec, för de kan dö på kuppen. Men varför reagerar just de så, när andra hundar inte gör det?
De som kan dö har en defekt variant av genen MDR1 – i dubbel upplaga. Det kallas MDR1 -/-, dubbelminus, när man är homozygot för mutationen till skillnad från normalvarianten MDR1+/+, dubbelplus, homozygot för den fungerande versionen. Så här lät det 2008:

Jill E Maddison, Stephen W Page, in Small Animal Clinical Pharmacology (Second Edition), 2008

P-glycoprotein

P-glycoprotein (P-gp) or multidrug resistance protein 1 (Mdr1) is a member of the ATP binding cassette (ABC) superfamily of transmembrane transport proteins and in the dog is encoded by the gene Mdr1. P-gp is an important drug efflux transporter that has a significant impact on the gastrointestinal absorption, distribution, metabolism, excretion and toxicity of its substrates. Mutations of Mdr1 have been observed in 10 dog breeds (see Table 3.5), with dogs that are homozygous for the mdr1-1Δ allele displaying nonfunctional P-gp. The pharmacological impact of homozygous mutants is the ability of ivermectin to pass the blood–brain barrier and achieve toxic concentrations within the brain two orders of magnitude higher than in dogs with functional P-gp. The identification of this mutation in collies and related breeds finally explains the well-known sensitivity of these breeds to the macrocyclic lactone class of parasiticides.

Proteinet som genen producerar kallas P-glykoprotein. Det finns hos möss, hundar, hamstrar, människor och väldigt många andra arter, inklusive svampar och bakterier.  Om man inte har genen, har man förstås inget P-glykoprotein alls och om man har en muterad version av genen, riskerar man ett icke-fungerande P-glykoprotein. Då kan man vara illa ute, som labbmössen upptäckte den dag då deras hem sprayades med ivermectin.
P-glykoprotein är lättast förstådd som en utkastare, en sådan som bättre nattklubbar håller sig med – jobbet är att upptäcka och handgripligen avhysa ovälkomna besökare i de egna cellerna. P-glykoprotein står på vakt i tarmcellerna, i moderkakan, i gallgångarnas celler, i njurarna, i cellerna som omger hjärnans blodkärl. Där fångar det upp och kastar ut ett antal ämnen, som det ser som främmande och farliga. De vi känner till är ivermectin och dess släktingar, hjärtmedicinen digitalis, HIV-mediciner, cellgifter, diarrémedicinen Imodium och några till. De åker tillbaka ut i tarmen, ut i gallan, bort från hjärnan och tillbaka ut i blodet till njurarna för sluttransport ut ur kroppen med urin eller avföring. Det finns tumörceller som använder sitt P-glykoprotein som skydd mot cellgiftsbehandling och det finns mikroorganismer, som kan använda P-glykoprotein som skydd mot antibiotika.
Varje levande cell har nytta av en utkastare – någon som känner igen intränglingar och avvisar dem. Evolutionen har lagt ner många år på att skaffa fram P-glykoprotein hos alla de celler som finns i alla de kroppar som bildar alla dessa olika arter. Det ovanliga med den molekylen är att den är så mångsidig. Den fångar och sopar ut inte bara ett främmande ämne med vissa igenkänningstecken eller kemisk struktur – den tar många, sinsemellan väldigt olika, ovälkomna besökare i cellen. Det borde inte gå bra att vara utan den molekylen.
Men det gör det, för det mesta. 


                       Stora träd börjar gulna i hettan.. Genmanipulerad hund håller färgen. 
                         Paus efter kort lekpass.

Medan man läser listan över mediciner som är farliga för vittassar, blir man alltmera fundersam. Varken hundar eller människor utvecklade MDR1-genen för att försvara sig mot mediciner som dök upp på 1980-talet. Förutom att man kan dö av Ivomec som de MDR1-lösa labbmössen gjorde och som vissa hundar har gjort – vad kan man mera dö av, om man saknar den genen i original?
Det verkar inte finnas något övertygande svar på den frågan.
Kan det vara en gammal goding som Listeria, bakterien som finns överallt? Jag hittar en artikel, som jämför MDR1 -/- möss med MDR1+/+ möss och finner, att minusvarianterna – de som saknar P-glykoproteinet – är sämre på att stå emot en listeriainefektion i tarmen. Jag hittar en annan, som säger att -/- möss oftare utvecklar inflammatorisk tarmsjukdom. Annars råder en förvånande torka i rapporter om tråkiga saker hos minusvarianten. Varför går det så pass bra att vara utan den?


Listeria är en av anledningarna till att man skall tvätta händerna, innan man lagar middag. Den finns i jord, i vatten, i tarmen hos andra djur, särskilt hos får, i foder, den dyker upp lite varstans och vi blir rejält magsjuka av den, om den får chansen att växa till sig i vår mat. Immunsvaga individer kan drabbas värre än så – de kan dö i hjärnhinneinflammation och sepsis. Nu kan man lätt tro, att kombinationen av MDR1-/- och en enda fattig immunförsvarsallel i DQA1*009:01 är illavarslande för collies, men eftersom i stort sett alla collies har den enda allelen, medan många har -/-versionen av MDR1-genen och ingen collie kan ha undgått någon form av närkontakt med Listeria ( eller tusentals andra bakteriearter och tusentals andra olämpliga ämnen i omgivningen), blir frågan: var är alla döda hundar?
Det finns bara två tänkbara förklaringar till frånvaron av döda collies. Antingen är den tillstökade, förkortade versionen av P-glycoprotein hos -/- varianten trots allt till stor del fungerande.
Eller – mera sannolikt - så finns andra gener som gör i stort sett samma jobb. Evolutionen är sällan mycket för att satsa allt på ett enda kort. Möss har 3 hittills hittade MDR-gener, människor har 2. Vad har hundar?
                                                         * * *

En rapport från Storbrittannien 2012 bekymrar mig mera än följden av den muterade MDR1-genen, inte minst för att den upprepar och bekräftar andra rapporter från andra länder. Det här är vad den hittar, när den går igenom 642 brittiska hundar.

The MDR1 mutation was found in six breeds (rough, smooth and Border collies, old English and Shetland sheepdogs, and Australian shepherd dogs), which are all pastoral breeds of collie descent.
(Table 1). The allelic frequency of the MDR1 mutation varied between these breeds; it was highest for rough (71 per cent) and smooth
(73 per cent) collies, followed by Australian shepherd dogs
(46 per cent), Shetland sheepdogs (36 per cent), old English sheepdogs
(11 per cent) and Border collies (2 per cent).

Homozygous mutant MDR1 alleles were found in 52 per cent of the rough collies, 45 per cent of the smooth collies, 25 per cent of the Australian shepherd
dogs and 12 per cent of the Shetland sheepdogs.

Ni kan se frekvenserna för MDR1-mutationen som ett släktskapsbevis mellan raserna. Andra genetiker har gjort beräkningarna och kommit fram till att den muterade genen är IDB, identical by descent, i collie, sheltie, aussie, OES och border collie. Det fanns en gemensam hundförfader, som levde före tiden då de vallande gamla lantrashundarna började splittras upp i raser med var sin stambok. Före mitten av artonhundratalet, med andra ord. MDR1-mutationen fungerar som ett släktträd för collieraserna.
Ni kan se en annan sak också. I vilket land man än letar, hittar man samma fördelning av MDR1-mutationen. Den muterade genen finns i enkel upplaga hos en andel av hundarna i varje ras, men den är alltid ojämförligt högst hos collie. Den finns som homozygot gen i varierande andel, lägre självklart än den heterozygota andelen, men även där leder collie stort.

Givetvis har ingen någonsin medvetet aktivt selekterat för MDR1-förlust. Ingen visste ens att mutationen existerade, förrän ivermectin dök upp på åttiotalet och några hundar dog. Ingen verkar heller veta exakt vilken skada förlusten av den normala genvarianten annars gör: så länge man undviker Ivomec och några andra mediciner, lever -/-collies så vitt vi vet lika länge och lika bra som +/+ collies och andra hundar med normalversionen i behåll.
Det man kan lära sig av siffrorna är två saker. För det första – har man som mål att få bort MDR1-mutationen, då är det bara utkorsning som återstår. Rasen har så få homozygota normalgener att ingen annan lösning är tänkbar. Man kan inte slå ut hälften av sin avelsbas för att göra sig av med ett genetiskt problem som visar sig efter intag av vissa mediciner; då kommer man att få andra genetiska problem i stället.
För det andra – Nobelpriset 2007 gick till fel mottagare. Det borde ha tilldelats tidiga collieuppfödare. Räknat i procent var de inte riktigt lika framgångsrika som forskarna som hundra år senare helt klippte bort en gen hos några laboratoriemöss, men de kom väldigt nära. Saxen de använde var exteriörinriktad släktskapsavel. De visste inte vad de gjorde då heller, men ihärdiga var de.

Bodil Carlsson 



måndag 23 juli 2018

DEN LÄNGSTA STAMBOKEN

Jag läser en studie om australiensiska kapplöpningshästar. Om och om igen läser jag texten och försöker förstå. Det finns ögonblick då jag tycker att hela sammanhanget är klart och andra, då jag tycker att det är så obegripligt och så motsägelsfullt att jag vill banka huvudet i väggen.



Founder-specific inbreeding depression affects racing performance in Thoroughbred horses

(Tood et al, Scientific Reports, 2018)



Så jag läser en gång till. Studien är lång och som alla i sitt slag innehåller den statistiska formler och annat, som jag aldrig kommer att begripa.
Men om jag inte fattar alldeles fel och inte verkligen hellre borde banka skallen i väggen än att försöka förstå saker som ligger utanför mitt kunskapsområde, är detta vad den säger.
Den oundvikliga följden av selektion i en sluten population är en ökning i inavelsnivån - börjar den. Ja, det säger ju sunda förnuftet. Förutom alla andra studier av slutna grupper, djur eller människor, inklusive de renrasiga djurstammarna med stambok; och som vi såg i förra avsnittet kan det sluta illa, om man inavlar på en stamtavla för stamtavlans skull och aldrig har förstånd att sluta. Men vad händer, när man gör tvärtom? När man avlar på individernas bevisade egenskaper och inte på deras namn?
De engelska fullbloden finns spridda till många länder där hästkapplöpning är en stor sport. Uppfödningen är numera närmast en industri. Rasen haft en stängd stambok sedan 1700-talets slut, men den första systematiska aveln för att få fram snabba hästar ligger ytterligare hundra år bakåt. Tre importerade hingstar och ett sjuttiotal engelska ston av okänd bakgrund är början och botten i alla fullblods stamtavlor. Varje nu levande fullblod kan följas tillbaka till ursprungshästarna genom alla dessa generationer, där man har selekterat för snabbhet och länge också för uthållighet. Det är den djurstam med längst sluten stambok jag känner till. Hur gick det? Jo tack, fullbloden är fortfarande med oss, de har fortfarande sluten stambok, och de är fortfarande snabbare än alla andra hästar. Hur är det möjligt?
Det har alltid funnits alltid en verklighet att mäta avelsresultaten mot. Hästarna har måst kunna springa.



Studien har gått igenom alla australiska fullblod, som har startat i kapplöpningar minst en gång under loppet av tio år. Australien har efter USA den största gruppen fullblod i världen – 15% av alla. Det blir många hästar! Drygt 135 000 individer är med i den här studien. Man tittade på tävlingsresultaten – hur många starter, hur många vinster, hur mycket prispengar, hur lång tävlingskarriär - och jämförde dem med graden av inavel hos varje individ. Genomsnittlig inavelskoefficient i Australien för alla dessa prestationsavlade djur ligger idag så högt som 13,9%. Studien fann två saker.
För det första – ju högre inavelsgrad hos hästen, desto sämre tävlingsresultat
                                
                                         MEN

för det andra – ju högre ancestral history coefficient, desto bättre tävlingsresultat.
Va?!
Eftersom AHC mäter hur ofta en genversion är identisk genom arv, identical by descent (IBD), verkar detta i förstone vara så motsägelsfullt att man sliter sitt hår. AHC måste ju vara just ett inavelsmått! Jo – men den här gången är det ett mått på hur man har inavlat på prestation.
The positive relationship between AHC and all measures of racing performance is possibly due to the many generations of selective breeding that have increased the frequency of alleles associated with positive improvements with exercise physiology. These alleles will appear IBD more times in the pedigrees of each subsequent generation, thus driving up AHC.



För hela den stora undersökta gruppen fullblod gäller alltså, att högre F – högre inavelskoeffecient - generellt ger sämre tävlingsresultat. Olämpliga gener liftar med de önskade (genetic sweep) och sänker prestationsförmågan. Risken för ärftlig sjukdom ökar. Risken för små sammanlagda effekter av gener som inte ger direkt sjukdom, men försämrar allmänhälsa, vitalitet eller fruktsamhet, ökar. Men för vissa individer gäller, att just deras urval av selekterade gener, deras härkomst från vissa förfäder, ger bättre resultat på banan... eftersom de selekterade generna är sådana som ger bättre muskulatur, bättre kärlförsörjning till musklerna, högre ämnesomsättning, mera brunt fett för snabb energi (och annat, skulle jag tro, som är bra att ha i ett så stort och kraftfullt djur: hanterbarhet, förmågan att lystra till jockeyens signaler på upploppet, villighet att dra på – det där som kallas för vinnarskalle). Just hos deras förfäder råkade de liftande gratispassagerarna som följde med på köpet vara OK – åtminstone inte skadliga, någon gång kanske rentav bra. Man måste inte alltid ha otur i det genetiska lotteriet, som stackars Karl II. Någon gång kan man ha turen att samla på sig gener från en förfader som både sprang bra, höll länge och gav avkomma. Någon gång kan man vara motsatsen till Karl II. Men den motsatsen måste bevisas – och det är vad de vinnande hästarna har gjort, generation efter generation.
Hästarna med flest vinster på banan har med andra ord varit vinnarna i inavelsselektionen. Går man tillbaka och letar bland rasens förfäder, så ser man, att de lämnar olika genom generationerna. Graden av genetisk belastning – de oönskade generna – är inte lika fördelade.
Inbreeding to different ancestors can have varying effects on fitness, such that the total proportion of alleles identical by descent (IBD) might not be an accurate reflection of mutational load2426. This raises the possibility that inbreeding in different pedigree lines has variable effects on genetic load in the Thoroughbred population.

Vet ni vad jag tror att det står här? Att selektion av presterande individer utan hänsyn till stamtavlan kan vara hållbar över lång tid, beroende på vilkaegenskaper man inavlar på – så länge man har en objektiv verklighet att mäta mot. Inte ens en sådan inavel kan vara i evighet, men länge. De snabbaste djuren med längst tävlingskarriär är de som är minst inavlade och mest valda efter högpresterande förfäder, därför att de presterande förfäderna både hade bra egenskaper och färre skadliga gener samlade kring de valda egenskaperna: det var det, som gjorde dem högpresterande. Det var en slump, förstås, vilken förfadershingst som hade vad, då i början. Det syntes liksom inte utanpå. Men resultaten efter nästa trehundra års avel på resultat är ingen slump.
De spanska habsburgarkungarna och deras stamtavlebaserade inavel höll i 184 år, korthornen kortare tid än så,  innan sagan tog slut med en suck. De engelska fullbloden med sin prestationsbaserade inavel är fortfarande, bildligt och bokstavligt, kvar på banan och slår därmed både korthornskorna och habsburgarna med, om ni ursäktar, hästlängder.


Vad som händer med dem nu verkar mera osäkert. Fullblodsaveln förändras. Den har blivit big business. En gammal amerikansk uppfödare berättar att rådet han fick som nybörjare – att aldrig avla på en häst som inte har startat minst tjugofem gånger – inte går att följa längre. Folk vill inte vänta, de vill ha föl efter hästarna som vann igår. Röster från de senaste 30 åren säger att genomsnittlig inavelskoeffecient i rasen ökar i alla länder i takt med att antalet hingstar i aveln minskar och antalet föl per hingst ökar. Aveln satsar sedan länge på tidigt mogna unghästar och snabbhet över korta distanser. Numera handlar den om vinna de stora unghästloppen, bli kändis och bli tidig pensionär med vidlyftigt kärleksliv.
Hästar slutar tävla medan de fortfarande är unga och går över till stuterierna i stället. Det är där pengarna finns – och här pratar vi mycket pengar! Den mest vinnande hästen i USA 2016 drog in 4 miljoner dollar på att faktiskt springa. Den mest använda avelshingsten drog in 35 miljoner dollar samma år. Han startade bara sex gånger i sitt liv och vann bara tre av loppen. Varför låta hästen fortsätta tävla, riskera skador, riskera att bli känd som en flopp i medelåldern, riskera att visa att han är skadebenägen eller avslöjas med en sjukdom, när han drar in många gånger större belopp som avelshingst?
En internationell hästavelsbusiness med några få storföretag äger framgångsrika hingstar och deras söner, erbjuder deras tjänster till priser anpassade till folk som antingen är miljonärer, eller satsar på att bli det – 200 000 dollar eller mer per betäckt sto för de mest kända namnen - flyger dem till södra halvklotet under perioden då det är stiltje i aveln på norra halvklotet och tillbaka igen för nästa säsong i norr. Veterinära specialister utvecklar metoder för att hålla hingstarnas hormonnivåer på topp och ta vara på varenda droppe av den värdefulla sperman. ”Pendlarhingstar” kallas de resande hästherrarna i industrins nyspråk. Stoägarna som säljer sina ettåringar på auktionerna vet att den mest hajpade hingsten ger det bästa priset, så de investerar i kända namn i hopp om att kunna sälja fölungen för mera pengar än de satsat i att åstadkomma den. Resultatet blir att aveln koncentreras till ett fåtal kända namn – till hästar som sprang allt färre lopp, innan de gick över till den lönsammare delen av verksamheten. Effekt: inavelskoeffecienten stiger samtidigt som verkligheten som den testas mot – tävlingskarriären – minskar i betydelse. Vinnartiderna i de klassiska loppen har inte förbättrats på årtionden.
Att en tvåårig häst tre gånger springer lika fort över 1 600 m som de snabbaste i sin generation – och lika snabbt, men inte snabbare, än generationerna bakom honom - säger oss ingenting om hans uthållighet, eller hans förväntade livslängd. Eller om hans hälsa som åttaåring. Hade skelett och lungor hållit för påfrestningen, om han hade fortsatt tävla?
För trettio år sedan betäckte en känd hingst kanske 50 ston per år. Nu används han till uppemot 200 ston per år. Språngavgiften ligger på 100 000 – 300 000 dollar per sto för de som är mest i ropet: multiplikationen får ni göra själva. Några företag och deras ägare har blivit ofantligt förmögna på kuppen, men den genetiska variationen hos dagens fullblod har inte vunnit på verksamheten. Affärsintressen tycks vara huvudanledningen till att inavelskoeffecienten i rasen ökar idag överallt där rasen finns, medan prestationsförmågan inte gör det. 
 
De dominerande internationella hästavelsföretagen är verksamma i flera länder och pendlar sina hingstar mellan ännu flera. En tabell över dem visar deras erbjudanden i olika länder. Bakom ledande hingstlinje på 11 av 12 stora stuterier finns två namn, som går igen: Northern Dancer, ansedd som 1900-talets största avelsstjärna, och så Native Dancer, som råkar vara hans morfar. Någon säger bekymrat, att det kommer att bli svårt att hitta hästar som inte är släkt med dem. En hästsportjournalist med många år i gamet skriver att stoägarna är insane i sitt spring efter några få kända hingstar. Idag är t ex hälften av stona i den lilla fullblodsstamen i lilla Slovakien avkommor till Northern Dancers söner. I en stor amerikansk tidning intervjuas en veterinär om fullblodens genetiska hälsa. ”Hästarna”, säger hon, ”är snart lika inavlade som renrashundar.”
Ruljangsen handlar inte längre om hästar som springer fortare. Det handlar att få pengar att avla mera pengar. Den målsättningen har man lyckats med, men den är mycket kortsiktig. Hur kommer det att gå med den långsiktiga uthålligheten i aveln, när andra värden ersätter prestationsförmågan som mätsticka? Stoägarnas förväntningar på skyhöga priser på fölungar är inte en inneboende, nedärvbar egenskap hos hingsten. Renrasavel är, som Per-Erik Sundgren sa, ett så riskfyllt projekt att det bara kan försvaras av förutsägbara goda egenskaper hos avkomman. Men då måste vi kunna identifiera de egenskaperna. Vi måste kunna visa dem.


Bodil Carlsson

torsdag 19 juli 2018

COI HOS EN KO OCH EN KUNG Eller: hur man inte skall använda en stamtavla

Den dyraste kon från den mest berömda stammen av artonhundratalets korthornsboskap var resultatet av många generationers inavel. Hennes egen inavelskoefficient vågar jag inte ens tänka på, men hennes förfäder hölls på runt 40% redan innan investerarna i stamtavlor tog över och satsade på att höja den ännu mera. Ädelt blod var dyrt att köpa, men lönsamt att sälja vidare. Kon klubbades 1873 på en välbesökt auktion, där rika amerikaner och engelsmän slogs om att vinna budgivningen. När klubban till slut föll, utbröt samma sorts jubel som vid en fotbollsmatch idag. Köpesumman stannade på $40 600 dollar, drygt 80 genomsnittliga årsinkomster i USA på den tiden. Hon som klubbades hette Åttonde Hertiginnan av Geneva i sin upphaussade stambok och till priset bidrog säkert, att hon var högdräktig med någon av sina nära släktingar. Någon Nionde Hertiginna blev det aldrig. Två dagar senare födde kon en död kvigkalv och strax därefter dog hon själv, den sista av sin stam.*


På samma sätt slutade Karl den andre, med Guds nåde kung av Spanien och den siste av den kungliga spanska grenen av huset Habsburg. Hans inavelskoefficient har beräknats till 24% - inte för att han var följden av en far/dotterrelation eller ett helsyskongifte, utan därför att alla de sammanlagda släktskapskoeffcienterna ovanpå släktskapen mellan hans föräldrar ( farbror och brorsdotter) sammantagna ger det värdet. Habsburgarna var kanske mindre besatta av tanken på ädelt blod än av viljan att behålla sin släkts anspråk på land och rikedomar genom inbördes giften, men de drog på sig en annan sorts arv än makt. En sammanställning av dödligheten hos spädbarn och barn upp till tio års ålder visar att de spanska habsburgarnas kungliga avkomma dog oftare än vanliga byinvånares barn. Karl den andre lärde sig tala vid fyra års ålder och kunde gå först när han var åtta och blev aldrig särskilt bra på någondera. Vi får hoppas, att Gud visade nåd mot denna flerfaldigt handikappade stackars människa, för biologin gjorde det inte. Efter ett liv av fysisk och psykisk ohälsa dog han barnlös 39 år gammal, den siste av sin linje.

Både kungen och kon var resultatet av många generationers nära släktskapsavel. Habsburgarnas släktträd, följt i sexton generationer omfattande 3 000 individer, visar stegringen av inavelskoefficienten F i släktled efter släktled när man räknar samman alla de små bidragen från alla de avlägsna förfäderna. De blir i slutändan lika illa som de stora kliven i släktskap genom senare närsläktsgiften, eftersom de adderas: fler och fler identiska genversioner samlas. Stackars Karl II var så fysiskt annorlunda och så sjuk, att det spekuleras i om han hade den infernaliska oturen att i genlotteriet råka ut för inte en allvarlig genetisk sjukdom, utan två – var och en resultatet av dubbla kopior av en recessiv gen, som anrikats hos hans släkt genom deras äktenskapsvanor.


The Role of Inbreeding in the Extinction of a European Royal Dynasty

  • Gonzalo Alvarez ,
  • Francisco C. Ceballos,
  • Celsa Quinteiro



Abstract

The kings of the Spanish Habsburg dynasty (1516–1700) frequently married close relatives in such a way that uncle-niece, first cousins and other consanguineous unions were prevalent in that dynasty. In the historical literature, it has been suggested that inbreeding was a major cause responsible for the extinction of the dynasty when the king Charles II, physically and mentally disabled, died in 1700 and no children were born from his two marriages, but this hypothesis has not been examined from a genetic perspective. In this article, this hypothesis is checked by computing the inbreeding coefficient (F) of the Spanish Habsburg kings from an extended pedigree up to 16 generations in depth and involving more than 3,000 individuals. The inbreeding coefficient of the Spanish Habsburg kings increased strongly along generations from 0.025 for king Philip I, the founder of the dynasty, to 0.254 for Charles II and several members of the dynasty had inbreeding coefficients higher than 0.20. In addition to inbreeding due to unions between close relatives, ancestral inbreeding from multiple remote ancestors makes a substantial contribution to the inbreeding coefficient of most kings. A statistically significant inbreeding depression for survival to 10 years is detected in the progenies of the Spanish Habsburg kings. The results indicate that inbreeding at the level of first cousin (F = 0.0625) exerted an adverse effect on survival of 17.8%±12.3. It is speculated that the simultaneous occurrence in Charles II (F = 0.254) of two different genetic disorders: combined pituitary hormone deficiency and distal renal tubular acidosis, determined by recessive alleles at two unlinked loci, could explain most of the complex clinical profile of this king, including his impotence/infertility which in last instance led to the extinction of the dynasty.


Om vi nu tänker på drivkraften bakom dessa två sorgliga berättelser – vilken var den? Selektion för stamtavlan i sig utan hänsyn till individerna.
Varken korna från Duchess-linjen eller barnen från huset Habsburg valdes för vad de var i sig själva. Korna valdes inte ut till avel för att de gav mycket mjölk, eller levde länge, eller fick många friska kalvar. (Det gjorde de inte.) De valdes på sin stamtavla. Den stamtavlan betydde social status, som i sin tur betydde pengar.
Habsburgarna valde inte heller äktenskapspartner på grund av gott huvud eller god hälsa eller stor skicklighet som fältherre eller några andra personliga egenskaper. De valde varandra utifrån sin stamtavla, sin släktskap, för den släktskapen betydde makt.
Ingendera är en inneboende egenskap hos stamtavlans individer.


Bodil Carlsson






*Efter Perry, Bred for Perfection, s 26.

onsdag 18 juli 2018

MERA COI: VAD NI MÅSTE VETA OM SIFFRORNA


Inavelskoefficienten för en individ, eller en kull, är sannolikheten för att ärva två likadana kopior av en gen från en förfader eller förmoder, som finns på båda sidor i stamtavlan.
Inavelskoefficienten anger också den andel av djurets alla gener som är identiska med varandra – homozygota – genom arv. Identical by descent, IBD, brukar det stå i genetikernas rapporter, när sådana nedärvda gener nämns.
En parning som ger avkomma med en inavelskoefficient på 10% ger 1 chans av 10 att vilken gen somhelst skall vara homozygot, d v s finnas i två likadana upplagor, en från vardera föräldern. Det betyder att i genomsnitt 10% av alla gener i det djurets DNA kommer att vara identiska genom arv: homozygota – likadana.

Tabellen nedan kommer från en nätsida riktad till amerikanska boskapsuppfödare. Beräkningarna handlar om kor, men är likadana för människor och hundar. Ni hittar dem på många andra ställen, som handlar om grundläggande genetik.

Typical Inbreeding Coefficients

Typical inbreeding coefficients for various relationships are given in Table 1. The inbreeding coefficient will be higher if the ancestors in the pedigree are also inbred themselves
Table 1. Inbreeding coefficients for various inbred relationships

Relationship Inbreeding Coefficient (%) *
Animal mated to its own parent (eg Sire / daughter) 25%
Half sib matings (parents have a common sire or dam) 12.5%
Full sib matings (parents have a common sire and dam) 25%
Animal has a single common great grand parent 3.1%
* minimum value, will be higher if ancestors are themselves inbred

Alltså:
Djur parat med egen förälder, som i far/dotterparning – 25% sannolikhet för att en gen, vilken som och varsomhelst, skall komma i dubbelupplaga i stället för i två olika versioner och i därmed genomsnitt 25% homozygoti rakt över generna. 
 
Halvsyskonparning (föräldrarna har samma far eller mor) – 12,5% sannolikhet.
Helsyskonparning (föräldrarna har gemensam far och mor) - 25% sannolikhet.

En enda gemensam släkting i tredje generationen, farfarsfar/farfarsmor eller mormorsfar/mormorsmor – 3,1 % sannolikhet för att en gen, varsomhelst, skall komma i dubbelupplaga.

Kusinparning – 6,25% sannolikhet för att någon gen kommer i dubbelupplaga och i genomsnitt 6,25% homozygota gener (mitt tillägg).
Observera, att det två gånger påminns om att detta är minimivärden. Om föräldrarna själva är inavlade, ökar sannolikheten!



Ett exempel: min mormor och min farfar var faktiskt kusiner. De var vanligt folk, varken kungligheter eller ghettoinvånare, så det som begränsade deras möjligheter att träffa äktenskapspartners var frånvaron av fortskaffningsmedel. Man höll sig hemmavid på den tiden. De kom från samma lilla socken i Bohuslän, träffade varandra på lokala tillställningar och gifte sig. Tittar ni bara tre generationer bakåt i min stamtavla, missar ni den gemensamma anfadern, som finns i generation 5. Jag tror att jag därmed är 3,1 delat med 2 = 1,55% inavlad. Den statistiska sannolikheten är, att 1,55% av mina gener är kopior av samma gen från en gemensam förfader. Min dotter har hälften av den chansen – hennes pappa kommer från en helt annan del av landet och är inte alls släkt med mig – och hennes barn har ytterligare hälften av hennes chans, eftersom deras pappa i sin tur kommer från ännu en annan del av Sverige och inte är släkt med hennes pappa eller med mig. Mitt barn har alltså statistiskt sett 0,76 % av sina gener identiska genom arv från min förfader och hennes barn har 0,38%. Ingen av oss ligger vaken på nätterna av oro för genetiska sjukdomar orsakade av släktskap. 
 
Ni ser vad som händer? I en utavlad population minskar det genetiska bidraget från varje individ längre bak i stamtavlan, därför att obesläktade gener fortsätter flyta in. Ju längre bakåt förfadern finns, desto mindre andel av den nu levande avkomlingens gener står förfadern för. Det är skälet till att vi sällan behöver beräkna inavelskoefficienter på människor. De flesta av oss är inte så nära släkt att det är meningsfullt. Med våra hundar är det tyvärr inte likadant.
Alldeles säkert bar min anfader i femte led bakåt på en och annan ohälsosam gen, en sådan som man inte vill ha i dubbel upplaga om man inte vill råka ut för någon tråkig ärftlig sjukdom, men min risk att springa på en dubblad kopia av en sådan gen från honom och därmed bli sjuk är bara drygt 1 på hundra. Min dotters risk är ännu mindre och mina barnbarns är riktigt liten. Jag har inte en susning om vilka obehagliga genvarianter min farfars farfar kan ha gått omkring med, eller vilka jag själv har, men det behöver jag inte veta. Risken för att de generna skall visa sig är inte större för min familj än för andra familjer – så länge vi fortsätter att vara rörliga över de sociala och geografiska gränser, som stängde in oss förr. Hade jag däremot av något skäl kommit på tanken att gifta mig med en av mina bohusländska kusiner, då hade bilden plötsligt sett annorlunda ut. Min dotter hade inte bara haft kusingifteskoefficienten på 6,25%. Hon hade i present fått min på 1,55 också och plötsligt varit uppe i 7,80% gener identiska genom arv. Adderar jag dessutom hennes påhittade fars, min kusins, inavelsgrad på 1,55% gener från samma förfader, är hon uppe i 9,35% från en och samma förfader och varningsklockorna börjar ringa högre.
Då hade hon legat över den nivå, som brukar anges som en begynnande risk för negativ inavelseffekt, ofta satt till strax under 6,25%, alltså kusingiftesnivån. Det är inte bara möjligt, utan troligt, att många hundraser med stängd stambok skulle visa sig ligga klart över det värdet, om man bara hade tid och datorkapacitet nog att beräkna deras verkliga COI – eller gentypade tillräckligt många.



Som avslutning – låt mig berätta en intressant historia. Den publicerades i kända tidskriften Nature 2015*. Forskare vid Edinburghs universitet hade sett rapporter om att en högre andel homozygoti hos människor skulle innebära ökad risk för förhöjda blodfetter, högt blodtryck och annat som slutar med hjärt-kärslsjukdom. Kunde det stämma? De bestämde sig för att ta reda på saken. Och, som de säger, är en hög grad av homozygoti ovanlig hos människor, så man behöver titta över väldigt många för att kunna hitta olika grader av homozygoti. Så de satsade i riktigt stor skala – jag minns inte att jag har sett en så lång lista över medarbetare från så många universitet och institutioner världen över som i den artikeln. Tillsammans skrapade de ihop resultat från 354 000 individer från 102 olika grupper och fyra olika kontineneter. De hittade inga kärlsjukdomsrisker, som hängde ihop med homozygoti. Men de hittade något annat.
En större andel homozygota gener ökar inte risken för hjärtsjukdom. Den minskar något annat - kroppslängd, IQ och lungkapacitet! Att ha motsvarande 6,25% homozygota gener, d v samma som hos barn i kusinäktenskap, minskar sett över stora grupper den genomsnittliga kroppslängden med i genomsnitt 1,2 cm och den allmänna intelligensnivån med motsvarande 10 månaders utbildning. Som de rappa engelska tidningsrubrikerna uttryckte saken: lite blandning ger längre och smartare barn. 

Bodil Carlsson 

*Letter | Published: 01 July 2015

Directional dominance on stature and cognition in diverse human populations

måndag 16 juli 2018

KORT AVBROTT FÖR DI

Mitt i sommarhettan och hundgenetiken dimper Datainspektions svar på en fråga ner. Frågan kommer först, för den som har glömt bakgrunden.



Försöker på förekommen anledning sätta mig in i konsekvenserna av GDPR avseende möjligheter till konsumentinformation. Vore mycket tacksam för era synpunkter!
Bakgrund: en person, X, med stort kunnande och intresse för aveln med renrasiga hundar publicerar sedan länge regelbundet en lista över alla nya valpkullar inom en viss ras. Listorna publiceras i en sluten fb-grupp, där alla medlemmar givetvis är fysiska personer.  Privatpersoner - inte företag. Listan omfattar namn på den uppfödande kenneln - enbart kennelnamnet, kennelägarens/uppfödarens personuppgifter och kontaktuppgifter nämns inte. Vidare redovisas uppgifter om valparnas födelsedatum, antal valpar. Vidare redovisas uppgifter hämtade från Svenska kennelklubbens offentligt åtkomliga uppgifter på datasamling Hunddata, åtkomlig för alla som känner till den, inklusive valpkullens s k HD-index (baserat på uppgifter om föräldradjurens och deras släktingars höftledsstatus vid röntgen) samt motsvarande uppgifter, MI (mentalitetsindex) baserat på föräldradjurens och deras släktingars resultat vid officiell s k mentalbeskrivning av hund, MH. Inga kommentarer eller omdömen - varken av positiv eller negativ karaktär - om valparna, val av föräldradjureller liknade, ingår.
Dessa listor  uppskattas av bl a personer, som letar efter valp av denna ras.
Följande har nu inträffat. En person hotar i otvetydiga ordalag med både polisanmälan och dryga väntande böter för X med motiveringen att listorna över kullar är ett brott mot GDPR. Anledningen anges vara dels att personen som äger kenneln lätt kan hittas via kennelnamnet och indirekt identifieras. Dels att uppgifterna om födda valpar i rasen skrivs ut i denna slutna fb-grupp utan att varje uppfödares godkännande inhämtats i förväg. Ytterligare en person hotar  med anmälan - oklart var, polisen igen? - om valpuppgifter från hens kennel omnämns någonstans utanför Svenska Kennelklubbens sidor, även denna gång med hänvisning till GDPR.
Min tolkning är att detta är orimligt. Varje person med kennelnamn, varje person med eller utan kennelnamn som ägnar sig åt att föda upp hundar för försäljning till allmänheten, är en näringsidkare. I sakens natur ligger då, att personens namn är åtkomligt för den intresserade, f f a för blivande valpköpare. Kennelägarens hemsida med personnamn, telefonnummer och mailadress inhämtas lika lätt via Svenska Kennelklubbensolika sidor som via denna lista över födda valpkullar. Om en intresserad  privatperson inte kan lägga ut uppgifter av den art som en lista över födda valpkullar innehåller ( och som är åtkomliga för intresserade och insatta personer på andra delar av nätet), innebär det en begränsning av  möjligheten att informera potentiella konsumenter. Jag undrar också, om det inte innebär en begränsning av yttrandefriheten
 Vad svarar Datainspektionen? Vad gäller i detta konkreta exempel?
 M v h
 Bodil Carlsson

Här har ni svaret.


Hej Bodil,

Datainspektionen kan endast lämna bindande besked inom ramen för vår tillsynsverksamhet, men vi kan ge allmän vägledning när det gäller regler om dataskydd.  

GDPR:s tillämpningsområde
Dataskyddsförordningen gäller för behandling av personuppgifter. Med personuppgifter avses varje upplysning som avser en identifierad eller identifierbar fysisk person. Avgörande är att uppgiften, enskilt eller i kombination med andra uppgifter, kan knytas till en levande person. Typiska personuppgifter är personnummer, namn och adress. Bilder på och ljudupptagningar av individer som behandlas i dator kan vara personuppgifter även om inga namn nämns. Uppgifter om hundar och kennelklubbar är alltså inga personuppgifter om de inte direkt/indirekt kan knytas till en fysisk person.

Rättslig grund:
När man behandlar personuppgifter blir dataskyddsförordningen tillämplig. Att använda sociala medier och där exempelvis skriva om andra, publicera foton, filmer m.m. är en form av personuppgiftsbehandling. All personuppgiftsbehandling måste ske i enlighet med förordningen. Detta innebär bl.a. att personuppgiftsbehandlingen måste ha en rättslig grund (t.ex. samtycke eller intresseavvägning). Det är den personuppgiftsansvarige som måste göra bedömningen av vilken rättslig grund som är aktuell i det enskilda fallet. Enligt GDPR finns inget absolut krav att man måste ha ett samtycke* från de personer som exempelvis finns på ett foto/lista innan detta publiceras. Intresseavvägning (en behovsavvägning av de olika intressen) är den rättsliga grund som oftast blir aktuell när man publicerar personuppgifter i sociala medier. Den registrerade har dock rätt att göra en invändning och då måste den personuppgiftsansvarige göra en ny intresseavvägning för att se vilket intresse väger tyngst. Om den enskildas rätt till personlig integritet väger tyngst ska personuppgiftsbehandlingen upphöra.
Här kan du läsa mer om de rättsliga grunderna: https://www.datainspektionen.se/lagar--regler/dataskyddsforordningen/rattslig-grund/

Facebook:
När det gäller sociala medier är det viktigt att känna till att dels kan den som gör en publicering anses vara personuppgiftsansvarig, dvs. ansvara för en publicering, dels kan den organisation som har en sida vara ansvarig för det som andra publicerar, om organisationen har möjlighet att påverka/bestämma över inläggen.

Den 5 juni i år meddelade EU-domstolen en dom som rörde an administratör för en Facebook sida och hur personuppgiftsansvaret var fördelat mellan denne och Facebook. Jag tror du kan använda den som ledning för hur du kan tänka på personuppgiftsansvaret. Du kan läsa domen på följande länk: http://curia.europa.eu/juris/document/document.jsf?text=&docid=202543&pageIndex=0&doclang=SV&mode=req&dir=&occ=first&part=1&cid=323536 Kortfattat beslutade domstolen är en administratör för en Facebook sida är gemensamt personuppgiftsansvarig med Facebook.  

Undantag för journalistiskt ändamål:
Jag vill även informera att det finns ett undantag i GDPR för när man behandlar personuppgifter för ett journalistiskt ändamål) Sådant som ligger inom ramen för journalistiska ändamål är att informera, utöva kritik och väcka debatt i samhällsfrågor som är av betydelse för allmänheten. Om personuppgifter behandlas för sådana ändamål är behandlingen i princip undantagen från de flesta av GDPR:s och dataskyddslagens bestämmelser. Undantaget är inte begränsat till journalister eller massmedier och det ställs inte heller några särskilda kvalitetskrav på verksamheten. Även en privatperson kan ha ett journalistiskt ändamål, till exempel när man bloggar. Däremot gäller undantaget inte vid publicering av uppgifter om andra personer om uppgifterna är av rent privat karaktär. Tolkningen av uttrycket "journalistiska ändamål" kommer från Högsta domstolens vägledning i mål NJA 2001 s. 409.

Vänliga hälsningar
Nazli Pirayehgar
Jurist, Datainspektionen
www.datainspektionen.se

*kursiverat i originaltexten

Datainspektionen säger i korthet: de svarar inte på specifika frågeställningar. De ger bara allmän vägledning. Den allmänna vägledningen här är att personlig integritet och privatliv skall skyddas. Man skall inte kunna skriva om, fota eller filma människor, inte lämna ut deras namn och adress eller personnummer, på nätet hur som helst bara för att man känner för det. Men inte ens då finns något absolut krav på samtycke från de omskrivna, fotade eller filmade personerna: har man anledning att publicera materialet, så får man göra en intresseavvägning. Vilket väger tyngst, privatpersonens intresse av att inte bli fotad, filmad etc, eller fotografens/skribentens intresse av att visa ett sammanhang där privatpersonen förekommer?
I det sammanhang som gäller här förekommer varken namn, personnummer, foton eller filmer. Det som förekommer är kennelnamn, och även om en person då indirekt kan identifieras av intresserade valpköpare både via SKK och via egna, frivilligt publicerade annonser, är det svårt för mig att av DI:s svar förstå hur detta skulle kunna vara ett brott mot GDPR.
Vidare gäller alltså skrivningen om "journalistiskt ändamål". Jag har ögnat igenom HD:s mål NJA 2001 s 409.  Om publicering på nätet av ett personregisterliknande upplägg så som däri beskrivs  kan godkännas som "journalistiskt ändamål" av HD, är det min gissning att en listade över reggade collievalpar avsedd för den intresserade allmänheten också skulle det. Milt sagt.

Bodil Carlsson
.




söndag 15 juli 2018

VAD MENAS MED COI?

Den engelska förkortning för coefficient of inbreeding, inavelskoefficienten, är COI. I vetenskapliga studier brukar den anges som F. Men vad betyder bokstäverna?
Mycket kort och enkelt:

COI = inavelskoefficienten = F är ett matematiskt mått på sannolikheten för att ett djur ska ha två ärvda likadana gener på ett ställe i sitt DNA där det borde ha två olika.
Den sannolikheten är beroende av hur nära släkt djurets föräldrar själva är.

Matten bakom COI levererades så tidigt som 1921 av en man, som hette Wright. Vid den tiden var man redan på det klara med, att  djur som intensivt släktskapsavlades råkade ut för tråkigheter. Det gjorde ägarna också. Det blev färre dräktigheter, flera dödfödda, lägre födelsevikt och mera svårigheter i nyföddhetsperioden plus kortare liv för avkommorna. Livskraft och hälsa gick ner: det är det som kallas för inavelsdepression. Bakgrunden var bl a en på artonhundratalet berömd, eftertraktad ras av kor, som ansågs så förnämliga att de bara fick paras med sin egen nära släkt. Så det gjorde man - tills det inte fanns så många kvar att avla på. Stammen dog i princip ut. Det blev förstås väldigt olönsamt att ha sådana kor. Wright åtog sig att kvantifiera släktskap för att hjälpa bönder att hålla sig på en

lagom nivå av släktskapsavel: tillräckligt stor för att behålla önskade egenskaper hos en djurstam, men inte så stor att problemen börjar dyka upp.

Titta på den meningen en gång till och håll den i minnet! För där, just där, har ni all renrasavels kärnuppgift. Djurslaget spelar ingen roll: gener beter sig likadant hos alla däggdjur. Hundar är inte undantagna. Inte människor heller - det är bara mycket ovanligt att tvåbeningar för egen del ägnar sig åt sådant som renrasavel (och när det har hänt, har det inte slutat bättre för oss än för djuren).

I en artikel i Canine Genetics&Epidemiology från 2015 uttrycks det så här. Deltatecknet före F betyder förändring. Större än 0 betyder ökning.

.... a response to selection, elicited by a departure from random mating, cannot be achieved without concomitant ΔF being >0, indicating some loss of genetic diversity. Therefore, given that avoidance of co-ancestry in finite populations is impossible and the necessity of selection to provide a widespread and lasting improvement in welfare where there is inherited disease, management of ΔF at sustainable levels is key. (Trends in genetic diversity for all KC registered dog breeds, Lewis at al)

Här står:
Det går inte att selektera egenskaper, vare sig för hälsa eller något annat, utan att få en resulterande förlust av genetisk variation, d v s en ökning av inavelsgraden, inom en sluten population med gemensamma förfäder. (Vilket, i förbigående sagt, är definitionen på en hundras.) Så hur du än vill selektera, om det är för utseende eller mot ärftlig sjukdom, så måste du se till att hålla ökningen i inavelsgrad på en hållbar nivå.
Det tog sannerligen tid innan den tanken dök upp inom hundaveln.

Folk tror att bönder är konservativa och inte gärna tar till sig nytt, men bönder är inte sämre än andra på att ta till sig det de ser fungera i verksamheten. När ardennerhästen kom, ersatte den snabbt de småvuxna lantrashästarna och när traktorerna och den billiga bensinen kom, var det ardennerns tur att bli ersatt. Lantbrukare bedriver inte museiverksamhet. De har inte har råd att basera sin ekonomi på fina kor som inte får kalvar. Titta på den här sammanfattningen av ett finskt examensarbete från 2012!
Det är samma gamla problem som i all renrasavel– selektion för en önskad egenskap leder till ökad inavel som leder till problem – och det föreslås samma  lösning som har använts inom olika djurslag utom ett i många år nu. Här föreslås inkorsning med inte bara en, utan tre, olika raser, varav en rekommenderas just för att den är så lite släkt med den inavlade rasen. Såvitt jag vet, väckte förslaget inget ramaskri hos de finska mjölkbönderna.

EXAMENSARBETE
Författare: Madelene Lindqvist

Titel: Förutsättningar för korsningsavel av mjölkkor i Finland
_________________________________________________________
____________________________________________________________
Sammanfattning. Detta arbete är en litteraturstudie över förutsättningarna för korsningsavel av mjölkkor i Finland. Arbetet baseras på litteratur, artiklar och avhandlingar som berör ämnet. Bakgrunden till arbetet är ett ökat intresse för korsningsavel med mjölkkor under de senaste åren, främst till följd av en högre inavelsgrad hos den dominerande mjölkrasen Holstein. Den höga inavelsgraden har lett till nedsatt fertilitet där det är svårare att få korna dräktiga. Korna får även större kalvar, vilket leder till svårare kalvningar och mera dödfödslar. Den produktiva livslängden hos korna har blivit allt kortare.I arbetet framförs rotationskorsning som en lämplig lösning på problemen för mjölkkor. För att upprätthålla en hög andel heterosis* skulle rotationskorsning med tre raser vara att föredra. Som komplement till Ayrshire och Holstein, föreslås Dansk Jersey. Dansk Jersey föds upp och avelsvärderas i nordiska förhållanden, och är längre ifrån Ayrshire och Holstein i släktskap än vad exempelvis den svenska SRB:n är.

*genetisk olikhet, min kommentar

Inom hundvärlden skulle ett sådant förslag fortfarande orsaka social utfrysning, krismöten och krav på uteslutning (plus ett och annat dödshot på nätet, om man bor i England). Det dröjde till en bra bit in på 2000-talet innan engelska KC införde registreringsförbud för kullar efter far/dotter- och helsyskonparningar. AKC har, såvitt jag kan se, inte gjort det än. Varför har just hundaveln inte brutit med en gammal problematisk tradition, när andra djurslags uppfödare har gjort det sedan länge? En vasstungad person sa, att uppfödarna har varit för upptagna med att springa efter den senaste vinnande hanen och deras organisationer för upptagna med att räkna in registreringsavgifter, så alla har haft annat i tankarna än långsiktig överlevnad för rasen. Och valparna gick ju bra att sälja ändå.

Det är möjligt att det ligger något i den tanken. Men för min del tror jag att det finns ett annat skäl, som väger tyngre. Man har inte riktigt sett hundar som djur, som biologiska varelser under samma regler som kor och hästar (eller för den delen människor). Hundarna har varit antingen fyrbent adel eller själsfränder – status eller kärlek eller båda samtidigt – och för sådana gäller inte vanliga regler. Vi tänker ju inte genetik, när vi tittar på våra barn. Kanske är det just för att hundarna har stått så nära oss känslomässigt, som vi har avlat dem som om de biologiskt vore utomjordingar?

Bodil Carlsson

lördag 14 juli 2018

EN ENSTAKA ARTHUR: stamtavlans tragiska historia



Alla minns väl Arthur? Gatuhund och gatukorsning från Ecuador, redan en bit in i medelåldern – hemlös, kanske misshandlad, med sårskador på ryggen, tunn, skitig som synden. Arthur hittade en vänlig hand som räckte honom en köttbulle och bestämde sig: denna människa var hans att följa genom skog och vatten. Så var saken klar för båda två. Först slog de följe på resan och nu delar de samma hem.
Och där har ni, gissningsvis och i förbifarten sagt, nötskalsversionen av berättelsen om hur vargen blev hund.

Är Arthur en bra hund? Titta på filmsekvenserna. Med den bakgrunden, med de livserfarenheterna, efter en lång flygresa och sedan fyra månader i karantän, kommer han i gott skick med svansen viftande in i en främmande miljö framför ett främmade uppbåd med kameror framför ansiktena. Alla stirrar på honom. Han ler.
Om Arthur hade varit en renras, hade hans rasklubb gnuggat händerna och väntat på efterfrågeexplosionen. Man hade sagt att hans goda egenskaper – fysisk uthållighet, intelligent anpassningsförmåga, stabila nerver och stort hjärta – var utmärkande för just den rasen. Som det är, kan man kasta tärning om vilken sorts blandning som skapade Arthur. Golden, en skvätt beardie, någon stor terrier, kanske lite schäfer? Arthur går inte att använda för att bevisa någon rasförträfflighet. Men en sak bevisar han: man behöver ingen stamtavla för att vara en riktigt bra hund.
Det är vi som behöver stamtavlan för att veta var vi hittar nästa Arthur.

Ni kommer att säga, att det inte är så stamtavlorna har använts. Det har ni rätt i, när det gäller hundar, och det är stamtavlans tragedi. Den har använts för allt möjligt annat än sitt egentliga syfte, sitt existensberättigande – som är att dokumentera släktskap och goda egenskaper, så att de kan föras vidare. Att stamboksföra och dokumentera egenskaper är ett språng framåt i tänkandet, som vår del av världen kan vara lite stolt över. Det var här det började för drygt tvåhundra år sedan. Att avla på bra djur – det har folk alltid gjort. Kunde man välja, så valde man förstås. Den starkare hästen hellre än den svagare, den fogliga hästen hellre än den farliga, den uthålligaste jakthunden hellre än den som gav tappt i spåret och den snälla kon som gav mycket mjölk hellre än den som knappt gav någon och som dessutom stångades – självklart! Så länge människor har varit beroende av sina djur, så har vi valt de bästa, de som vi hade störst nytta av. Men i den gamla världen var minnet kort och vägarna långa. Så på den tiden när folk i byarna runt om i Europa knappt visste namnet på sin egen farfar och när det kunde ta dagar att ta sig fram till nästa by, då tog man det som fanns till hands. Grannens tjur, byprästens häst eller den lokala adelsfamiljens jakthundshane. Hur länge kom man ihåg vilken parning som gav vad?

Att föra bok och mäta resultat gav en stor ökning i jordbrukets produktivitet. Man kunde följa linjerna bakåt. Man kunde över flera generationer se vad som gav vad. Man fick hästar som drog tyngre lass och mera djupgående plogar, kor som gav mera mjölk och kött, grisar som växte snabbare. Ungefär samtidigt började man få fram rasrena hundar, men det finns en viktig skillnad mellan hundarna och de andra djuren.
De som skapade stamtavlorna för hundar och stängde stamböckerna var de som inte längre var beroende av dem.

Colliens rasstandard skrevs ner första gången 1881 av människor, som aldrig hade behövt valla några får. De behövde inte komma överens om vad som gör en fårhund bra. De behövde bli överens om vad de skulle tävla om. Standarden ger maximalt 100 poäng och alla handlar om utseende. Högsta andelen poäng, 20 av 100, ges till coat with frill and ruff– päls med krage och krås. Pälsen skall vara ymnig som möjligt, särskilt just kragen. Standarden beskriver inte vad den stamboksförda hunden har gemensamt med sitt ursprung – vanliga arbetande lantrashundar, som med tiden blev border collie – utan tvärtom vad som skiljer dem åt: krås och krage och ymnighet på den ena sorten, så lättavspolat som möjligt på den andra. Om ni någon gång har behövt rengöra era stövlar efter en promenad i en fårhage i regn, så vet ni varför man inte längtar efter massor av päls på en fårhund.
Det dröjde till 1910 innan colliens gamla arbetsområde första gången nämndes i standarden. Då var gapet mellan högstatushobby och lantbrukets vardag, mellan hund som välståndsmarkör och hund som arbetshjälp, redan så befäst att det gick att romantisera det förflutna.

Collie var inte den enda hunden, som råkade ut för detta, men det var kanske den första som i stor skala föradligades med hjälp av stamtavlan. Den första som adopterades av kungligheter, blev kungligt inavlad själv och uppfödd för att säljas till människor som betalade bra för att få äga en och på köpet känna sig smått adliga själva. Ni tror att jag överdriver?
Läs rasens tidiga historia. Brittiska kungligheter och amerikanska multimiljonärer om vartannat, folk som framgångsrikt försörjer sig som colliemäklare i en mycket lönsam hundexportindustri, hundar som säljs för belopp stora nog för ett hus på Manhattan, storuppfödare på båda sidor av Atlanten med hundra hundar i sina kennlar. Folk vars framgång lockade efterföljare och vars ord togs på djupaste allvar. (Ibland tror jag, att rester av den gamla glansen finns kvar i bakhuvudet på dagens collievärld som en sorts  genetiskt befäst minne.) Härifrån kommer stamtavlans ställning i hundaveln. I början, när bara fint folk och rashundar hade stamtavla, bevisade den hundens ädelhet. Sedan kom nittonhundratalets andra halva, då vanligt folk kunde köpa renrashund. Då visade stamtavlan, att man åtminstone inte hade skaffat byracka. Fortfarande dubblar själva papperet valppriset på marknaden för sällskapshund.

Men stamtavlan har ett mycket större värde än så. Varför är det sorgligt att Arthur saknar stamtavla? För hunden gör det ingen skillnad; inte för människan som hade turen att hitta honom heller. Men utan stamtavla vet ingen, om Arthur är en enstaka Arthur, en genetisk lyckträff som inte låter sig upprepas, eller tvärtom den typiska hunden från en hel släkt av bra hundar, som döljer sig någonstans i en by i Ecuador.
Det är synd. För den tidiga hundavelns sätt att använda stamtavlor har försatt oss i en situation, som för flera raser inte är hållbar på sikt. De verkliga inavelskoefficienterna är högre än vi vill veta och uppfödare börjar köpa DNA-tester för att jaga genetisk variation inom sin ras – nere på individnivå. När jag föreslås att betala för ett test, som talar om vilken av tre tänkbara hanhundar som är minst genetiskt lik min tik, är det dags att tänka till.
Men utan en dokumenterad stamtavla* kan vi inte tänka till. Då flyttar vi oss bara från en icke hållbar situation till en oförutsägbar. För tvärtemot vad de tror, alla de som köper papperslösa valpar till sällskap hos mina hippsomhappavlande grannar, har stamtavlan inte bara snobb- och prishöjarvärde. Rätt använd talar den om vad vi kan vänta oss.


Bodil Carlsson

* med dokumenterad stamtavla avses i den här texten en stamtavla, där individernas egenskaper (HD-status, ögonlysningsresultat, MH, jaktprov, vallanlagstest och vad det nu kan vara) redovisas.

torsdag 12 juli 2018

UPPGÅNG OCH FALL

Ibland blir man bara paff.
Det började med diagrammen över inavelskoefficienter i den engelska kennelklubben rasgenomgång från 2015. Jag satt och tittade över den ena rasen efter den andra och gradvis gick det upp för mig, att det var något märkligt med diagrammen.
De såg allesammans likadana ut.

Från ungefär 1980 och framåt samma branta stegring. Från ungefär 2005 - 2010 en lätt sänkning, inte för alla raser men för de flesta. Kennelklubben kommenterar själv att man såg inavelsgraden klättra uppåt under ett antal år. Nu – säger man lättat – har den minskat och ligger på en mera ”sustainable level”,  en mera hållbar nivå. Jag rev mig i huvudet.
Vad var det som hade hänt? Hade brittiska uppfödare kollektivt drabbats av smittsam inavelsfeber just 1980? Hade det hänt något speciellt? Öppnades plötsligt en ny exportmarknad för brittiska renrashundar någonstans eller var det något annat, som gjorde att det blev bråttom att producera inom den stam man hade tillgänglig i varje ras?
Jag fattade ingenting. Jag frågade någon insatt i engelsk hundvärld.
Svaret kom och jag tappade hakan.


Så här gick det till. När engelska KC 1980 började bygga upp en datoriserad faktabas över sina raser, satte man av praktiska skäl inavelskoefficienten till noll för varenda ras. Efter hundra, eller sjuttio, eller femtio, eller tjugo år – beroende på ras – av traditionell släktskapsavel, mera eller mindre av den varan beroende på ras, men alltid inom den slutna stambokens ramar oavsett ras.
1980 satte man inavelsgraden för allt till nästan noll.


     Grafen visar långhårig collie, men de andra rasernas grafer följer samma mönster.


Klättringen som följer därefter är ökningen av det värde som redan fanns för varje ras. Vilket det värdet verkligen var, vet ingen, såvitt jag förstår. Vilket det verkliga värdet på inavelskoefficienten idag är för den rasen, vet man därmed inte heller.


Det KC gjorde – och det sannolika skälet är den tidens begränsade datorkapacitet – var att leda en expedition på mödosam klättring uppför Kebnekajse. Berget är 2 098 m högt. Efter 2 000 meter i samma uppförsbacke slår man läger och sätter upp en skylt, som påstår att man befinner sig på havsnivån. Noll meter över havet!
När expeditionens medlemmar sedan av gammal vana fortsätter att klättra uppåt, kallar man de 98 återstående metrarna för en brant stigning.
När det börjar slutta nerför på andra sidan toppen, tror man att man är nere på betryggande nivå... fast man fortfarande är 2 000 meter över havet.
Om man inte vet varifrån man kommer, vet man inte var man befinner sig.

Idag finns databaser byggda på DNA-jämförelser, som visar helt andra nivåer på genomsnittlig inbördes släktskap och genetisk likriktning inom olika raser. Jag tror, att man skall titta på dem i stället för på inavelskoefficienter över några få generationer. Det gäller verkligen inte bara collie, men det gäller collie också.
Om man inte vet var man befinner sig, vet man inte vilken riktning man ska ta för att komma framåt. Engelska KC gjorde ett hedervärt jobb med att gå igenom och lägga ut de här uppgifterna för offentlig åtkomst, men de säger inte så mycket om var vi egentligen befinner oss.

Bodil Carlsson







onsdag 11 juli 2018

NÄR MARKEN RÖR SIG

The challenges of pedigree dog health: approaches to combating inherited disease

Canine Genetics and Epidemiology20152:3
https://doi.org/10.1186/s40575-015-0014-9



Det som följer är min egen översättning av slutet på rapporten, vars titel och författare ni ser ovan. Originaltexten kan ni hitta själva genom att googla på titeln, eller enklare ändå genom att klicka pålänken ovan. Läs och tänk efter vilken bild som skymtar fram i de lite omständliga meningarna!
Det finns två påståenden, som fick mig att stanna upp. Jag har satt dem i fetstil. Var har renrasaveln hamnat, när det inte står i en kvällstidning med halvbra rykte utan i en vetenskaplig studie att nästan hälften av de brittiska veterinärerna avråder folk från att köpa renrasigt? Det är svårt att tro, att svenska veterinärer skulle göra likadant. Vissa raser, ja – extremtrubbnosar framför allt. Men som allmänt råd? Då har marken börjat röra sig under fötterna på rasklubbarna i hundavelns hemland på jorden.
Det finns kanske en anledning.
Jag tänker på vad jag lärde mig om den engelska och den svenska versionen av engelsk setter. Skulle ni våga köpa engelsk setter av en brittisk exteriöruppfödare med kenneln full av champions? Jag skulle det inte. Inga vinnande förfäder har skyddat en hund mot arvet av HD-fel och sjukdom. Utställningsrosetterna må vara uppfödarens intresse och prioritering, men det är inte per automatik valpköparnas. Det är inte titlar från igår, som delar mitt liv idag. Det är en livs levande hund!
Skulle jag våga köpa valp av ordföranden i den svenska rasklubben, som drar siffrorna för de vanligaste sjukdomarna telefon och berättar om det svåra i att få rätt balans mellan jaktiver och dresserbarhet? Japp. Behövde jag en fågelhund, skulle jag köpa setter av Åsa Vilson på hennes ord.
Inte bara för att hennes ord handlar om vänliga, rimligt friska hundar – precis det som de flesta valpköpare är ute efter oavsett ras – utan därför att hennes ord kan jag kolla upp. Den skandinaviska traditionen är annorlunda än den engelska.


Den andra meningen i fetstil kräver eftertanke. Den handlar inte om länders olika uppfödartraditioner, utan om hur de stängda stamböckerna slutar. Den säger att i en ras med litet eller krympande hundantal räcker inte inavelskoefficienter: man måste komplettera med individuell gentypning innan man väljer partner till sin hund. För att alla de framväxande gentestlabben skall dra in mera pengar?
Tyvärr ser det ut att att vara mera än så. Fortsättning följer. Men här har ni själva texten!

”Den renrasiga hundens framtid

Försäkringsbolag som erbjuder försäkring för renrasiga hundar registrerar hur ofta hundarna inom varje ras utnyttjar sin försäkring och av vilken anledning de gör det och detta avgör försäkringspremiens storlek. För många hundägare kan en försäkring för en hund av viss ras innebära, att man betalar en mycket högre premie än för en blandras. I Storbrittannien kan kostnaden för en basförsäkring för en liten renrasig hund ligga i storleksordningen £300 per år (cirka 500 U S dollar) och kostnaden ökar avsevärt för storvuxna raser och för raser, som är kända för sin benägenhet för ohälsa. I Storbrittannien är enbart 42% av alla hundar, renrasiga eller inte, försäkrade; visserligen finns välgörenhetsorganisationer, som PDSA, som ägnar sig åt att bidra till sjukvårdskostnader för sällskapsdjur, men även de nekar i ökande utsträckning hjälp åt renrasiga hundar. PDSA:s policy är för närvarande att det får finnas en renrasig hund registrerad per hushåll /som söker bidrag för veterinärvård, min anm/. En färsk studie har funnit att 48% av smådjursveterinärerna avråder sina kunder från att köpa renrasiga hundar p g a nedärvda sjukdomar.
Förslag har framförts om att vi för största möjliga välbefinnande hos kommande generationer borde överge de mest predisponerade raserna (de med sämst hälsoprofil och högst antal genetiska sjukdomar) och samtidigt mjuka upp de genetiska barriärerna mellan återstående raser för att främja genetisk variabilitet. En sådan strategi för bevara majoriteten av hundraserna, om än inte alla, är något som skulle säkra att hundraser i allmänhet långsiktigt överlever, men det innebär också att vissa utsatta raser går förlorade och att man överger de strikta kännetecknen för specifika raser genom att korsa dem.
En mera realistisk lösning för att hantera de mest sjukdomsutsatta raserna skulle vara att korsa med flera individer från en nära besläktad ras för att återinföra genetisk variation och att kombinera den strategin med avelsprogram för att avla bort ifrån de mest sjukdomsbenägna individerna för att säkra mera genetisk differentierade framtida generationer. Som i fallet med den tidigare diskuterade dalmatiner/pointerkorsningen skulle detta tillåta ett genetiskt nytillskott, men ändå fungera för att bibehålla rasens standardsärdrag. För raser utan liten eller krympande populationsstorlek skulle det vara välgörande, om kennelklubbar världen över införde begränsningar för antalet avkommor per avelshane och därigenom minskade matadoravelseffekten, medan man ökade den genetiska variabiliteten över hela populationen. Sådana restriktioner finns redan på plats för tysk schäfer. För sällsynta raser och raser med liten eller krympande populationsstorlek bör ansträngningar göras för att para hanar och tikar som är så obesläktade som möjligt genom att man tar hänsyn till släktskapskoefficinterberäknade från stamtavlorna, men också genom att man inbegriper gentypning som bastest för varje registrerad hund för att inavelsgraden skall kunna övervakas på individnivå.”


Den här rapporten säger på sitt lågmälda sätt, att flera raser närmar sig slutet på de stängda stamböckernas tid. Många av oss har nog haft ett hum om bakgrunden, men åtminstone för min del var den värre än jag anade. Det var ett av ögonblicken, när marken flyttade sig lite.


Bodil Carlsson