onsdag 15 augusti 2018

FEMTE NAMNET FRÅN VÄNSTER

Minns ni inlägget om fullblodsavel från den 23 juli, Den längsta stamboken? Det handlade om den slutna stambokens livslängd. Renrasavel med sluten stambok är med nödvändighet ett tidsbegränsat projekt. Men man kan öka eller minska den livslängden, beroende på hur man väljer att avla.

Det som följer nedan i okursiverad text är en översättning av delar av ett föredrag, som biologen Carol Beuchat höll vid afghanfolkets världskongress i Amsterdam litet tidigare i år. Översättningen är min och publiceras med Carol Beuchats tillstånd. Länken finns här, The amazing secrets hiding in your pedigree database, så att ni själva kan läsa föredraget i sin helhet. Gör det! Det berättar om afghanernas historia, om rasens bildande från arbetande lantrashundar i sitt hemland, om det lilla urvalet av grundare (rasbildande förfäder) som togs med till Västeuropa och USA och om den snabba förändringen i exteriör som följde; om olika hanars genomslag i aveln; om de våldsamma växlingarna i popularitet och i andelen hundar använda i avel... och om andra saker, som uppfödare av vilken hundras som helst borde kunna rabbla väckta mitt i natten – därför att det är den grundläggande berättelsen om varje hundras uppkomst, avelshistoria och genetiska situation idag.
Även om rasnamnen är i liten skrift och dessutom presenterade liggande, så att man måste vrida på huvudet för att läsa dem – gör det! Vilken ras, colliefolk och SKK, är femte namnet från vänster i grafen där DNA-baserade inavelskoeffecienter visas? Norsk lundehund leder ligan med en inavelskoefficent på 80%, men vilka följer sedan?

Av hästraserna som hundarna jämförs med sticker en enda ut uppåt – clydesdalehästen ligger på en inavelsnivå i klass med de måttligt inavlade hundraserna. Resten av hästarna ligger lägre. Fjordingen, nordsvensken och fullbloden ligger på ungefär samma nivå. Har någon svårt att se skillnaden mellan en nordsvensk, en fjordhäst och ett kapplöpningsfullblod? Ingen har problem med att skilja de raserna från varandra. Shirehästen, jätten bland hästar, ligger på samma inavelsnivå som shetlandsponnyn. Islandshästen, stammad från en öpopulation, har en lika låg inavelssgrad som den arabiska hästen, stamboksavlad i århundraden – och båda ligger lägre än den genomsnittliga rena hundrasen. Mycket lägre! Har någon svårt att se vilken av dem som är vad?
Om inte hästraserna behöver extrema inavelsnivåer för att hålla sig rastypiska – varför skulle hundraserna göra det?

Bodil Carlsson

(Beräkningarna av inavelsgrader för hundraser är baserade på amerikanska registrerade hundar.)




Vi får alltid höra talas om hög inavelsnivå hos hundar. Men hur hög – eller låg – är inaveln på hund?

Den här grafen visar den genomsnittliga inavelskoefficienten på ett stort antal hundraser när beräkningen baserats på DNA i stället för på stamtavlorna. Rasnamnen kan vara för små för att läsas, men afghanen finns där pilen pekar. Inavelsnivåerna är markerade på samma sätt som förut, med rött (25%) för helsyskonparning, gult (12,5%) för halvsyskonparning och grönt (6,25%) för kusinparning.

Den genomsnittliga inavelskoeffecienten för afghaner uppskattad utifrån en DNA-analys ligger omkring 30%. Det betyder ”mitt i klassen” bland de raser som har undersökts.
Detta skall jämföras med de 20% som man får fram som inavelskoeffecient baserat på stamtavledata. Håll i minnet, att ofullständiga stamtavlor underskattar den faktiska inaveln.
.

Picture

Är 20% eller 30% inavel ”högt”? Vi kan jämföra hundar med andra tamdjur.

Grafen längst ner är den ni just såg för hundar med afghaner markerade med pilen. Grafen ovanför är genomsnittlig inavel baserad på DNA för hästraser, med samma färgade linjer som markerar grader av inavel.

Bara en ras, clydesdalehästen, har en genomsnittlig inavelsgrad lika med eller högre än 25% och mer än hälften av hästraserna ligger under 12,5%. Runt ett dussin raser ligger i snitt på 6% eller lägre.



Inaveln bland renrasiga hundar är mycket högre än än hos hästar och är i själva verket högre än vad som är typiskt hos andra renrasiga tamdjur. Det är ett faktum, att höga inavelsnivåer varken är en förutsättning för domesticering eller för att upprätthålla de drag, som gör en ras unik. I

Picture

tisdag 14 augusti 2018

ÖGON OCH FRÅGETECKEN

Minns ni Berit och Nils Wallin-Håkanssons studie om 8 000 ögonlysta svenska collies mellan åren 1991 – 1999? Den störde mig.
Det fanns ett svårförståeligt resultat i den studien. Under de åren ögonlystes allt fler hundar i Sverige och uppfödarna strävade efter att styra bort från colobom. Resultatet var lite oväntat, kan man säga. Colobomen låg kvar på samma nivå, runt 8%. Men CEA ökade!
Hur kunde det bli så?

Visst, en växande andel hundar ögonundersöktes, så fler veterinärer lärde sig ögonlysa och sammantaget bör då både diagnoserna ha konstaterats oftare och träffsäkerheten i dem ha ökat. Men...? Varför minskar inte colobomen? Hur är det möjligt att CEA blir mera vanligt när man gör vad man kan för att undvika den värsta formen? Jag har hört uppfödare bakåt i tiden sucka uppgivet – det lönar sig ju inte att ögonspegla, det blir ingen förändring hur man än gör.
Kanske blir det verkligen förändring, beroende på vad man har gjort tidigare. Titta här!

Under årtiondet före undersökningen, 1980 – 1989, importerades många collies från England. Det var fläkt av nya tider, kennlarna i hemlandet hade berömda avelshanar med en ny och spännande exteriör: – mindre hundar klädda i mera päls och framför allt: mera ”uttryck” i mindre ögon.

Under de här åren kom 138 collies hit. 88 av dem var hanar. De kom från kennlar, vars namn man känner igen och/eller har föräldradjur med den bakgrunden. Av dessa 138 hade bara 35, 25 hanar och 10 tikar, inga avkommor. De övriga 103 hade avkommor, flera eller färre. Och några hanar hade väldigt gott om avkommor.

Listar man hanarna efter antal valpar, ser det ut så här:
Hane nr 1: 391 valpar – de allra flesta från samma kennel
hane nr 2: 390 valpar
hane nr 3: 286 valpar
hane nr 4: 276 valpar
hane nr 5: 258 valpar
hane nr 6: 218 valpar
hane nr 7: 194 valpar
hane nr 8: 175 valpar
hane nr 9: 142 valpar
hane nr 10: 131 valpar

Bara de tio mest använda hanarna lämnade alltså 2471 valpar i Sverige under åren före och under ögonstudien.

Få av alla dessa importerade åttiotalshundar var ögonlysta: 120 av 138 saknar ögonresultat. Men några ögonlystes– som vuxna, får man förmoda, efter att de kommit hit. Vi hittar 12 ögonlysta med u a, färre än tio procent. En hane med ”colobom, lindrigt” har 6 valpar efter sig. En med ”colobom, kraftigt” har 27. Men hanen som råkade värst ut, med diagnosen ”CEA, näthinneavlossning”, var den som lämnade 391 valpar. Han råkar vara halvbroder till hanen med 27 valpar och diagnosen ”colobom, kraftigt”.
Samma toppavelshane i England är pappa till båda två, en sobel med ett vackert ansikte, en inavelsgrad på 15,9% och Dazzler och Witchcraft dansande runt i generationerna bakom.

Om man nu tänker på, att hunden med den svåraste formen av CEA var den som lämnade flest avkommor; och att hunden med 390 avkommor, tvåan på listan, saknar ögonlysning, men har en inavelsgrad på 19,1% med Dazzler 14 ggr och Witchcraft 11 ggr på sex led i en delvis ofullständig stamtavla....

... och på att en av de icke ögonlysta har en inavelsgrad på 33,8% med det berömda kärleksparet bakom sig fler gånger än jag orkar räkna och 59 valpar födda här...

...och på att ett antal av de här hundarnas avkommor själva måste ha gått i avel och lämnat valpar med åttiotalsimporterna på båda sidor i stamtavlan...

... och på att vi inte har en aning om ögonstatus på de allra flesta hundarna, men har anledning att tro att i stort sett samma släkt och samma gener finns bakom dem därför att det var de som dominerade marknaden då:

Hur mycket vågar man misstänka att den här importen av engelska åttiotalshundar bidrog till att CEA ökade i frekvens och att colobom låg stilla under nittiotalet? All avel handlar om att man får skörda det man sår.
Om man låter obesiktigade gener för CEA och colobom flöda in på den ena sidan, lär det ju inte hjälpa att man tio år senare ögonlyser flitigt och väljer bort colobom på andra kanten. Colobomen fortsätter komma från den genetiska bakgrund som man har förstärkt och CEA ökar av samma skäl.

Kan det vara så enkelt?

Bodil Carlsson




P S:Innan jag i vanlig ordning blir beskylld för att 1) hata collies, 2) hata engelska collies och 3) hysa ett särskilt glödande hat mot Dazzler och Witchcraft, låt mig säga något som besparar mina ovänner mödan. 1) Det finns ingen bättre hund än en bra collie och ett antal av de som kom från den här importvågen, inte minst några av hundarna från ”kennel 391”, var mycket bra hundar. 2) Dito. 3) Dazzler och Witchcraft kan enligt människor som har träffat dem ha varit ängsliga hundar, men det är inte deras fel att de överanvändes i avel så till den grad att människor med intresse för genetik suckar var gång deras namn dyker upp i en stamtavla. Det här handlar inte om engelska collies, eller ens om collies. Det handlar om mönstren inom hundaveln och de är varandra sorgligt lika över raserna och länderna. Jag hatar inte renrasavel heller, tvärtom; jag tycker bara att det är dags att börja sköta den med lite större insikt inifrån... och mycket större insyn utifrån.
Med det sagt – låt oss ta en titt över Atlanten.

söndag 12 augusti 2018

KUNGLIGT I STAMTAVLAN

Om vi flyttar några hundgenerationer längre fram, hittar vi en annan tik. Här har ni en spenslig liten tjej, född 1975. Möjligen är det ingen slump att hon är liten? Hennes stamtavla över fyra generationer ser ut så här. Det fanns mycket kungligt där, som ni ser av namnen.



Som ni kanske noterar, är hennes föräldrar sett till första generationen halvsyskon: de har samma mamma. Frågan är vad de egentligen skall kallas. ”Halvsyskon” räcker inte långt. Vårt språk har helt enkelt ingen benämning på en sådan grad av släktskap som den ni kan utläsa ur den här stamtavlan. FSpeed beräknar tikens inavelskoefficient över 4 generationer till 26,46%, snäppet över en far/dotterparning. Hennes son, en utställningschampion som exporterades till en annan världsdel, har en inavelskoefficient på 22,61% och den hanens far ligger själv på respektingivande 15,6%. Av en tjugo-i-topp-lista över inavel, där hundarna varierar mellan COI 33,98% och 14,45%, svarar hennes kennel för 11 av de 20 namnen.
Hur gör man för att baka in en mutation som har råkat slinka in i en ras så att den blir lika allmänt förekommande som jästcellerna i en jäsdeg?
Så, förstås. Man gör så! Årtionde efter årtionde efter årtionde.

Boken fortsätter. Hund efter vinnande hund presenteras med sin stamtavla och så sent som hos en storpälsad hane född 1981 hittar vi de kända namnen längst bak i det fjärde släktledet. Sedan försvinner ju namnen ur stamtavlorna allteftersom nya släktled kommer till. Men försvinner deras gener?
De matas in igen, allteftersom släktskapsaveln fortsätter, medan nya kennelnamn tar över arvet från de gamla stjärnorna och inga nya gener någonsin kommer in i den stängda stamboken. Ni ser? Nya kennelnamn med ”nya” linjer kommer till, men ingenting är nytt, för det är samma gamla gener och samma gamla avelsbas om och om igen – förutom att den verkliga avelsbasen krymper, eftersom alla tillgängliga hundar blir alltmera släkt och de mest använda också är mest släkt med varandra.
Den sista av bokens alla hundar är född 1996. Det finns inga dubblerade namn räknat på fyra generationer hos honom. Man skulle kunna tro, att han har en låg inavelsgrad och FSpeed beräknar honom mycket riktigt till drygt 2%. Han har bara drygt 2% av sina gener i monoversion, IDB: identical by descent - om man skall tro beräkningen av inavelskoefficient. Chansen att genen bakom MDR1 skall höra dit är stor och chansen att generna bakom CEA skall höra dit är ännu större, förstås, men det sorgliga är att mot bakgrunden av en sådan avelstradition, har man ingen nytta alls av en inavelsgrad beräknad på fyra generationer: den säger ingenting om graden av verklig inbördes släktskap mellan den hunden och vilken samtida europeisk collie som helst.

För i fjärde led i sin stamtavla har den här hunden en berömd avelshane hane född tjugo år tidigare (COI 15,6%) och i den hanens fjärde led hittar vi dem självklart igen, de kända namnen. Gång på gång. Dazzler är farfars farfar, han är farfars farmors far, för jo, han parades med sin dotter och lämnade då farfars far; Dazzler är morfars far, han är mormors farfar och mormors morfar och Witchcraft med alla sina ankarfästen i Gunner tre och fyra generationer bakåt är också med på ett hörn... eller, för att vara exakt, 27 hörn på nio generationer. Tjugosju gånger!– och det är trots det faktum att i databankens stamtavla saknas 50% av hundarna så långt bak. Witchcraft kan mycket väl finnas med ett antal gånger till. Det gör hon förmodligen. Det finns vid det här laget - 1996 - inte särskilt många europeiska colliestamtavlor, där hon och Dazzler fattas.
Det finns inga ord i något språk för den graden av släktskap, därför att inga mänskliga stamtavlor någonsin har sett ut så. Det finns inga mänskliga populationer där 70% har samma defekt i näthinnan heller. Gissa varför?

Man behöver en bättre stamtavlebas än den jag har tillgång till för att följa en hund född 1996 hela vägen bak till Eclipse, själv resultatet av en helsyskonparning 1882. Han var en berömd hund, som lämnade avkommor både i England och USA.( Förmögna tikägare i USA skeppade sina tikar över Atlanten för parning, medan  husse ägnade sig åt att promenera honom dagligen  i Hyde Park "för att övervinna hundens skygghet".*) Men en stamtavla och ett datorprogram hela vägen tillbaka: det är vad man skulle behöva göra, med ett antal hundar, för att beräkna den verkliga variationen i generna – eller sett från andra hållet, den verkliga bristen i variation, lika med den verkliga släktskapsgraden - hos collies som föddes i England och Englands exportmarknader under de 114 åren efter Eclipses ankomst till världen. Numera finns en annan metod att beräkna verklig släktskapsgrad inom en ras. Den baseras på DNA-jämförelser. Vi återkommer till den. Den är tillförlitligare än den stamtavlebaserade, men den är också mera skrämmande – för ett antal andra raser än bara collie.

Problemet är att de kortsiktiga inavelskoefficienterna bedrar oss. De ser alltid mycket bättre ut än verkligheten och det är därför de inte förklarar den. De förklarar inte, hur en mutation kan spridas över en hel ras, eller hur det gick till, när en viss immungen blev den enda kvarvarande immungenen. Eller när en genetiskt betingad benägenhet för överdrivna rädslereaktioner bredde ut sig utan åtgärd, därför att i den tradition som aktivt skapade inavelsgrader på 20% och högre var hundens mentalitet inte relevant.
Det var andra saker, som räknades.

Bodil Carlsson

*Rough Collies of Distinction, s 23



lördag 11 augusti 2018

HÄXKONST


Två citat i bildform från en på flera sätt mycket läs- och tänkvärd bok presenteras här. Men först ett quiz för rasnördarna!

Följderna av upprepad släktskapsavel har alltså varit kända sedan artonhundratalets slut. Mot den bakgrunden togs metoden för att beräkna inavelskoeffecienter fram 1921.
Stamtavlan som visas hör till en ”beutifully linebred”, vackert linjeavlad, tik med ett berömt namn. Hennes farfarsfar, hennes farmors farfar, hennes farmors morfar och hennes morfars far är samma hund. Tikens farfar och morfar är därmed halvsyskon med varandra och dessutom halvsyskon med hennes farmors mor.

 




 Vilket år föddes tiken?
                                         A) 1863
                                         B) 1903
                                         C) 1963

Vilket år publicerades boken som framhåller detta som exempel på en vackert konstruerad stamtavla?

                                        A) 1901
                                        B) 1951
                                        C) 2001

Rätt svar är C) båda gångerna. Stamtavlan gäller Witchcraft of Rokeby, född 1963. Boken är Rough Collies of Distinction, förstautgåvan 2001, skriven av de engelska raskännarna Iris Combe, Dareen Bridge och Pat Hutchinson, som lagt ner ett stort och noggrant arbete på denna redovisning av collien i England. Alla som är intresserade av collie, som historia och som genetik, borde ha den: fotografierna i sig är värda inköpspriset. Här finns alla gamlingarna, som våra hundar går tillbaka till. De är fortfarande med oss. Detsamma gäller tankemönstren bakom deras tillkomst. Även om dem kan man lära sig mycket i boken. De har förändrats mindre på hundra år än vad utseendet på hundarna har gjort.

Var är det vackra i Witchcrafts stamtavla? Den geometriska symmetrin? Betraktat som biologi är det inte lika anslående. Vilken väg man än väljer bakåt i släktleden, stöter man ihop med Ch Gunner of Glenturret, född 1952. Ytterligare ett eller två led längre bak i stamtavlan ligger då Gunners förfäder ett antal gånger.
Den som åtar sig att beräkna inavelskoefficienten utifrån stamtavlan räcker upp en hand. Ni andra kan titta på följande. Datorprogrammet Fspeed*, hanterat av David Lundgren som har använt det på det vi har fått fram av Wichtcrafts stamtavla från en databank, beräknar tikens egen inavelsgrad till 10,1% sett på 4 generationer. FSpeed säger också, att Witchcraft har 104 anfäder som förekommer på båda sidor av stamtavlan, d v s på hennes fars såväl som på hennes mors sida. Hunden som gör hennes stamtavla så vackert symmetrisk, Ch Gunner of Glenturret, har själv en inavelskoefficient på 15,5% räknat på 4 generationer; hos honom finns 39 anfäder som återkommer både på fädernet och mödernet.
Habsburgaravel, någon?

Bodil Carlsson



* FSpeed är ett gratis program, som hittas på internet. Jag tänker inte låtsas att jag förstår hur man använder det. Den som tipsade om det är den genetiker vid Madrids universitet, professor Alvarez, som skrev studien om den beräknade inavelsgraden på den spanska habsburgdynastin. Fspeed är det program han själv använde. Stort tack för tipset! Stort tack också till David L, som tagit sig tid att köra gamla collies igenom det och som dessutom letat fram ett annat program som gör samma beräkningar, när FSpeed visar sig ha ett antal år på nacken och ha problem med backup.

torsdag 9 augusti 2018

SAMMANFATTNING!


Vi sammanfattar! Hinner ni, så läs gärna om avsnitten om den ensamma immungenen hos collie (26 och 27 juni), om MDR1 (25 juli) och CEA. Var och en är en tydlig markör för oavsiktlig genetisk smalspårighet, följden av en selektion som fått med sig saker man inte visste om.
Är collien en fysiskt sjuk ras då? Har vi råkar ovanligt illa ut?
Nej – för vi hade tur.

Vi har blivit stående med tre hittills kända, numera påvisbara tillstånd, som förekommer hos nästan alla våra hundar: en immungen som bara finns i en enda version hos i stort sett varenda collie; en muterad gen för omhändertagande av kroppsfrämmande ämnen som finns i dubbelversion hos hälften av alla; och så en, eller mera troligt flera, muterade gener som ger en oftast lindrig felanläggning av ögats inre delar hos cirka 70%. Förändringarna och deras utbredning är inget som går att diskutera: de är väl dokumenterade. Att berätta om dem är inte att ”förtala rasen”, vilket jag har fått höra att jag gör. (Man kan inte förtala fakta.)
Av ren, lyckosam slump är ingen av förändringarna dödlig. Ingen ger förkortade liv. Ingen ger överdödlighet i infektionssjukdomar. Ingen ger överrepresentation av autoimmuna sjukdom eller tumörer eller svåra höftledsfel. Lindrig till måttlig CEA tillåter bibehållen syn – komplikationerna av den svåra formen, näthinneavlossning och blödning inne i ögat som slutar med blindhet, är sällsynta. Collien blev ras omkring 1870, men de tre vanliga avelsrelaterade rasdefekterna är så lindriga att man inte upptäckte dem dem förrän 1953, på 1990-talet respektive c:a 2010.
Vi hade tur!

Det hade kunnat vara våra hundar som fick syringomyeli och hjärtsjukdom. Det hade kunnat vara vår ras som stod där med renal dysplasi och ARVC och en inte obetydlig tumörfrekvens. Det hade kunnat vara vår ras som hade en genomsnittlig livslängd på sju år. Det hade kunnat vara en av våra historiska matadorhanar som spred blödarsjuka, det hade kunnat vara vår ras som hade högrisk för pyoderma och allergier; det hade kunnat vara collie som hade en framavlad epidemi av autoimmun sjukdom från en världsberömd exportkennel. Det hade lika gärna kunnat vara vi, som oftare än andra fått se våra hundar dö i lymfom eller plågas av allergier.
Men det var det inte. Det var cavalier, boxer, berner sennen, schäfer, storpudel, flat, west highland white och schäfer igen – bara för att ta några i raden av genetiskt ansamlade sjukdomar i  några raser – och man kan prata fingertoppskänsla och hänsyn till standarden bäst man vill, men ingen av dem har någonsin förutsett eller förhindrat ansamlingen av genetiskt betingade sjukdomar hos våra hundraser. Möjligen vore det värt att diskutera hur de har bidragit.
 Med tanke på hur lång den slutna stambokens historia är för colliens del, med tanke på hur lång tid som gått sedan den första flaskhalsen, då rasen grundades på få hundar – och med tanke på att mycket av den avel som pågått bäst förstås som en enda utdragen fortsatt flaskhals med släktskapsavel – så har vi haft en nästan osannolik tur med den fysiska hälsan hos våra hundar. Samma mönster i aveln ställde till det värre för andra raser än för vår.

                     
Pumpa = smal stam ger stor, lite oformlig frukt. Renrasavel = stor, lite oformlig lantras ger smal  stam. Båda kräver stöttor för att  ge det vi hoppas på.
                           
Vill ni se exempel på hur flaskhalsen har sett ut hos oss? Om man inte vet vilken väg man har gått, förstår man inte hur man har hamnat där man är. 

Bodil Carlsson

tisdag 7 augusti 2018

EN TOM PLATS: historien om CEA del 2)

2007 kom en milstolpe i marschen mot förståelse av CEA: en fantastiskt upplagd, stor studie*, som i ett första steg använde jämförande genteknik för att gruppera 132 hundraser på basen av deras inbördes släktskap. Som förväntat klumpade de brittiska vallhundsraserna ihop sig i samma släktgrupp - och som förväntat var det där CEA fanns. Precis som med MDR1 handlar det inte bara om collie. Någonstans långt bak i tiden finns en gemensam anfader, som råkade ut för en mutation och förde den vidare; såpass långt bak att den gamla vallande lantrasen inte hade hunnit splittras upp på olika isärhållna raser, men inte så långt bak att mutationen finns lika ofta hos alla.
För som med MDR1-mutationen, så är det inte jämna skurar. Vanligheten av CEA varierar kraftigt mellan mellan raserna och till en del mellan samma ras i olika länder, men ju längre framåt i tiden man kommer, desto fler ögonlysta hundar och desto tydligare bild. Från 1982 och framåt visar studier i olika länder genomgående högst siffror för collie, medan sheltien beroende på land varierar från att vara lika utsatt som collie till att vara mycket mindre utsatt. Genomgående ligger border collie och aussie mycket bättre till.

Collie eye anomaly in the United Kingdom

Bedford PG  
The Veterinary Record [01 Sep 1982, 111(12):263-270]
Type: Journal Article
DOI: 10.1136/vr.111.12.263

Abstract


Approximately 2500 rough collies, smooth collies and Shetland sheepdogs were examined during a three year period in an attempt to establish the incidence of collie eye anomaly in the United Kingdom and to produce data on the hereditability of the disease. The overall incidence in the two collie breeds was approximately 64 per cent, but the disease was seen with slightly more frequency in the Shetland sheepdog, 72 per cent of the dogs examined being affected.



Så här skriver Sheila Crispin, ögonspecialist, i samarbete med engelska KC och brittiska veterinärförbundet BVA, trettiofyra år senare, 2016:

COLLIE EYE ANOMALY (CEA)
The prevalence of Collie eye anomaly in the UK is high,
in excess of 60% in the Rough Collie, Smooth Collie and
Shetland Sheepdog, with the Lancashire Heeler and Border
Collie much less affected. The condition has a worldwide
distribution and ocular lesions of identical ophthalmoscopic
appearance have been described in a number of other
collie and non-collie breeds, such as the Bearded Collie
and Australian Shepherd.

Collie, kort- som långhårig, ligger i topp oavsett vilket land rapporten gäller. Sheltiens siffror varierar mera beroende på land: från siffror i klass med, eller högre än, collie i England 1982 och 2016 till 48% i en studie från Nederländerna, 15% i en från Schweiz och - mycket förvånande och värt en egen studie - mindre än 1% i USA på 90-talet enligt CERF, det stora amerikanska registret.
Som å andra sidan rapporterar från åren 1991 - 1999:

Border collie: CEA 2,12%. Colobom 0,57%. Näthinneavlossning 0,06%.

Aussie: CEA 0,22%. Colobom 0,27%. Näthinneavlossning 0,13%.

Collie, lång och korthår: CEA : 66,7%. Colobom: 8,75%.Näthinneavlossning:1,88%.

Den stora studien från 2007 tog nästa steg och började leta. Var fanns genen som orsakade CEA? De raser som samlade sig i en släktskapsgrupp av brittiska vallhundar var ju sinsemellan olika på många ställen i sitt DNA – det räcker att titta på en aussie, en sheltie, en collie och en border collie för att se att de skiljer sig åt. Men CEA hade de, vanligare eller ovanligare. Så på vilka punkter var de lika?
De var lika på en punkt på kromosom 37. Och därmed – trodde man – var boven funnen. Alla hundar med CEA i rasgruppen hade en mutation hos en gen som kallades för NHEJ1 och de hade den i dubbel upplaga. De var homozygota för en recessiv mutation.

*Breed relationships facilitate fine-mapping studies:
A 7.8-kb deletion cosegregates with Collie eye
anomaly across multiple dog breeds
Heidi G. Parker, et al


Gentestlabben gnuggade sina händer och marknadsförde. Många ambitiösa uppfödare hoppades. Testet sålde. Men...
det finns två frågor som behöver besvaras, innan man börjar testa, oavsett vilken gen man testar för. Först – säger testet hela sanningen? Sedan: om testet fungerar – om genen som det identifierar verkligen är den bakomliggande genen – vad återstår, om man väljer bort alla individer som bär på den? Hur mycket blir kvar av rasen?
För NHEJ1 och collien  verkar det idag inte finnas ett riktigt bra svar på någon av frågorna.



Från 2014 och 2016 finns två danska studier på gentestet jämfört med ögonlysningsresultat – en för collie i Danmark och en för sheltie. Man jämförde hundars gentester med deras ögonundersökningsresultat. Man hittade något mycket förvånande.
Hos sheltien överensstämde ögonveterinärernas och gentestets resultat bra. (Samma sak säger f ö en norsk studie av bordercollievalpar från 2018.) När gentestet sa att en hund hade anlaget för CEA i dubbel upplaga, då hade ögonveterinärerna redan sett det anlaget visa sig i ögonbottnarna hos den hunden. Men det stämde inte för collie!

Discrepancy in compliance between the clinical and genetic diagnosis of choroidal hypoplasia in Danish Rough Collies and Shetland Sheepdogs

First published: 06 January 2016
Cited by: 3
Read the full text
Share

Summary

Collie eye anomaly (CEA) is a congenital, inherited ocular disorder which is widespread in herding breeds. Clinically, the two major lesions associated with CEA are choroidal hypoplasia (CH) and coloboma, and both lesions are diagnosed based on ophthalmological examination. A 7.8‐kb intronic deletion in the gene encoding non‐homologous end‐joining factor 1 (NHEJ1) has been reported to be the causative mutation underlying CH when present in the homozygous state. In this study, we have investigated the compliance between the clinical and genetic diagnosis of CH in the Danish Rough Collie and Shetland Sheepdog populations. Our results show that the deletion in NHEJ1 is not predictive for CH in the Danish Rough Collie population, whereas the clinical and genetic diagnosis is in accordance with each other in the Shetland Sheepdog population. Based on these results, it can be concluded that the intronic deletion in NHEJ1 is not the causative mutation but, rather, a marker linked to the locus underlying the trait in some populations but linked to both the wild‐type and CH‐causing locus in most dogs in the Danish Rough Collie population.

Här säger man alltså, att genen NHEJ1 inte är den skyldiga genen hos collie, utan en markör, ett pekande finger, som visar att den skyldiga genen eller generna ligger i närheten och påverkar både den normala och den muterade versionen av NHEJ1. Företaget Optigen, som utvecklade gentestet och sedan dess har hävdat att det verkligen bara rör sig om en enda gen med recessiv nedärvning, säger numera på sin hemsida, att det kan finnas andra gener, som tillsammans påverkar utfallet av mutationen i NHEJ1, men att vi helt enkelt inte vet hur många och vilka dessa andra gener skulle kunna vara.
Så efter sextiofem års forskande och rapporterande står vi här och river oss i huvudet. Ett kunskapsrikare huvud, ett huvud som inser att vi inte visste allt vi trodde att vi visste, vilket är ett framsteg– men ändå: någonting i genetiken bakom collieögon är fortfarande oklart för oss. Det finns en tom plats i vår förståelse.
 Berit och Nils Wallin-Håkansson påtalar i sin andra studie av drygt 8 000 collies från åren 1989 till 1997, att trots att uppfödarnas policy under samma tid var att undvika avel på colobom, så låg vanligheten hos colobom stilla på drygt 8% - medan vanligheten hos CEA ökade från 54 till 68%. Någon av procenten kan kanske förklaras med att ögonveterinärerna blev mera rutinerade på att ögonlysa och någon procent ytterligare kanske kan förklaras av att uppfödarna blev mera rutinerade på att få iväg alla valpar till undersökning, men kan hela ökningen förklaras så?



Kunskapsutveckling är en sak; lusten att tjäna pengar på den är en annan. I dagsläget är det svårt att se, vad gentestet för CEA har att tillföra. När man ser siffrorna, inser man att vilka gener det än rör sig om, så är de så utbredda och befästa inom rasen att systematisk utkorsning är enda sättet att snabbt bli av med dem – så varför skall man gentesta? Om målet är att välja hundar som ser tillräckligt bra för att klara livet, så räcker ögonundersökningen, och det är de djuren man skall avla på.
Mera värt att fundera över är väl det här. Vilka drag var det man selekterade för, när man fick med mutationerna som skapar CEA och MDR1? Och hur bar man sig åt för att hårdköra de generna så till den grad att de nu finns hos majoriteten av alla collies?
Medan man funderar över det, fortsätter seriösa uppfödare att göra som SKK säger. Man ögonspeglar sina valpar och låter bli att avla på colobom. För den där tomma platsen där en valp till borde ha funnits – den stör. Vi vet inte vad som hände med valpen, som försvann. Men vi vet tillräckligt för att vara försiktiga med att fippla med gener som styr fosterutvecklingen. 

Bodil Carlsson 




onsdag 1 augusti 2018

EN TOM PLATS: historien om CEA del 1


1953 tittade någon två collies djupt i ögonen och hittade samma konstighet i ögonbotten hos båda. Så föddes termen CEA: Collie Eye Anomaly, colliens ögonavvikelse.
Sextiofem år har runnit iväg sedan den dagen och forskningsrapporterna har ramlat ner med jämna mellanrum. Det är som med MDR1-mutationen: rapporterna om CEA speglar kunskapsutvecklingen inom biologin, från kliniska iakttagelser hos några vuxna hundar över fosterutvecklingsrapporter vidare till många undersökta hundar och ett gräl om vilka gener som gör vad och – på senare år - vilket företags gentest som säger något som är värt att veta och värt att betala för. Allteftersom fler och fler hundar ögonspeglades upptäcktes fler och fler med ögonförändringen. Snart började man inse, att förändringen var mycket vanlig hos några raser, att den gick att hitta tidigt i fosterlivet – redan 1969 kom en rapport om att den iakttagits hos 35 mm långa colliefoster – och att det fanns en ärftlighet. Men vilken ärftlighet kunde det handla om?
Det var någor lurt med CEA. Varje hund som har defekten på ena ögat har den på andra ögat också – det är ingen självklarhet, men så är det. Varje hund som har förändringen har den i samma del av ögats botten: tänk er ögonbottnen som en urtavla. När timvisaren står på 15, pekar den in mot nosryggen. Lindrig CEA ligger alltid i fältet motsvarande kl 09 – 12, uppåt/utåt mot tinningarna. Svår CEA breder ut sig över andra delar av urtavlan också, men ingen CEA ligger bara i de andra delarna av urtavlan. Varför?
Däremot är inte svårighetsgraden nödvändigtvis likadan på båda ögonen: den kan vara bättre i ena ögat och värre i det andra. Varför? Två hundar utan synbar förändring – fyra normala ögonbottnar – kan dessutom tillsammans göra många valpögon som har förändringen och dessutom har den i olika svårighetsgrader i olika ögon. Hur går det till?
Alla som känner lust att ge sig i kast med att få ihop en glasklar ärftlighetsgång är välkomna att försöka! Genetikerna fajtas fortfarande om den saken.

Här är ett foto av en hund med en annan sorts anläggningsdefekt, en som syns utanpå: den vita strimman är platsen där celler med pigmentbildande förmåga en gång kom vandrande från vardera sidan av hennes huvud för att mötas i mitten. Hon låg i sin mammas mage och var kanske lite större än 35 mm när det tog stopp. Här, just mitt i hennes panna, nådde pigmentcellerna inte ända fram. Signalerna som ledde dem tystnade. Det uppstod en tom plats för svart.

Hade detta hänt inuti hennes ögonbottnar, hade vi kallat resultatet för ett colobom: en tom plats, stället där något fattas. Det är vad ordet colobom betyder. Nu är det bara en strimbläs: ofärgade, oproblematiska normala hårstrån växandes i oproblematisk, normal hud. I ögats inre hade det inte varit oproblematiskt. Hos CEA med och utan colobom är inte problemet att något finns där det inte borde finnas, som en cysta  eller extratå. Utan tvärtom – det är något som inte finns där det borde finnas. Mindre en närvaro av något oönskat än en frånvaro av det önskade: den normala tillväxten och organisationen av ögonbottnens olika vävnader fattas.

Titta en gång till på fotot av hunden! Tänk er att i stället för en ofärgad liten strimma i pannan finns ett stort vitt stråk hela vägen ner längs nosryggen. Och nu är huden i det vita inte normal med olika cellager i sina ordnade skikt ovanpå varandra, utan genomskinligt tunn. Tunn så att ni ser rakt igenom den, tunn med glesa oliklånga hårstrån växandes hipp som happ, inte neråt höger på den högra sidan och neråt vänster på den vänstra sidan som det skall vara, utan oorganiserat. Tunn så att ni ser en grop in i underhudsfett och bindväv och skymtar nosryggens benvävnad längst ner! Ni ser slingriga blodkärl leta sig fram i botten på gropen.
Ni skulle inte tycka att det var vackert.
Men så, på ett ungefär, är det med ögonbottnen hos hunden med svår CEA och colobom. Vävnadslagren som bär upp näthinnan och försörjer den med syre är inte organiserade som de skall vara. Det är för tunt, för litet och inte på rätt plats. Påverkar det synen? Rimligen, fast i hela skuren av rapporter om CEA finns det mycket litet som tar upp den frågan. Det finns i stort sett inga undersökningar gjorda. En lindrig CEA med anläggningsdefekter enbart mellan klockan 9 och klockan 12 kan hunden säkert kompensera för – på varje sida har den ändå tre normala fjärdedelar av näthinnan och från varje öga går signaler till båda hjärnhalvorna, som får pussla ihop synfältet till en helhet – och dessutom har den hörsel och luktsinne att ta till för att orientera sig i omvärlden. Men att svår CEA med colobom i eller nära synnervens utträde inte skulle medföra nedsatt syn, det är ganska svårt att tänka sig. Hörsel och luktsinne kan inte kompensera för allt. Skulle ni vilja springa en agilitybana med med mer än hälften av era ögonbottnar illa organiserade? Trava nerför en trappa med en stor tom grop nära synnerven ?
De svenska ögonspecialisterna Berit och Nils Wallin-Håkansson publicerade år 2000 en uppmärksammad studie med 8 204 ingående svenska collies. De kunde inte se hur en enda recessiv gen skulle kunna förklara CEA – flera gener måste vara inblandade. Men de fann en annan sak också. En förälder med colobom ger en valp mindre i kullen. Det finns ett samband mellan colobom och genomsnittligt antal överlevande foster. Det finns alltså en tom plats till i historien, platsen där en valp skulle ha funnits.
Vad hände med den?
När man kommer hit i sin genomgång, börjar man tänka. Det måste finnas mer än en gen inblandad, ungefär som det visade sig vara med dermatomyosit i Leigh Anne Clarkes forskning. Och minst en av de skyldiga måste vara en gen som är involverad i att styra vävnadsorganisationen under fosterutecklingen. 

Bodil Carlsson