Jordbruksverkets svar för två månader sedan till en för mig okänd rasklubb angående merle och avel gjorde mig riktigt nyfiken.
Vad är merle? Och vilka effekter har den?
Varför ställde denna rasklubb den frågan just nu? Och vad baserar JV sitt svar på? Vem vet vad om merle?
Jag har lärt mig en del saker, som jag inte visste. Så här ser det ut så här långt:
1)Collie har inte tre färger. Collie har två färger: sobel och trefärgad, där en andel av de trefärgade har en gen för fläckvis utspädning av den svarta färgen. Utspädningsgenen finns hos totalt 17% av alla våra hundar idag.
2)Utspädningsgenen är en defektgen. I princip är den en riktig fuling. Ett inskott förvandlar den riktiga genen till en icke fungerande gen.* Pigmentproducerande celler görs om till icke-producerande celler och det borde vara en katastrof för alla merle individer. Speciellt för de homozygota, som har anlaget i dubbel upplaga. Förutsägbara effekter är förlust av fungerande celler i hud, päls, syn- och hörselceller och möjligen ett antal andra celltyper.
3) De förutsägbara effekterna stämmer inte särskilt bra med de verkliga. Inte ens hos homozygota merle är alla döva, blinda, ögonlösa och vita. Majoriteten av heterozygota merle är välfungerande. En del av förklaringen ligger i de tappade svansarnas välsignelse: under fosterutecklingen återgår en hel del av de förvandlade cellerna till originalskicket och blir pigmentproducerande igen.**
4) Är det hela förklaringen? Har S-allelerna som ger vita tecken någon betydelse för hur merlemutationen slår igenom? Är effekterna av merle olika i olika raser och är det i så fall S-allelerna som påverkar utfallet?***
5) Ingen vet.
Så låt oss ta en titt på vem som säger vad om merle!
* se inlägg från 29 september och 1 oktober, I begynnelsen var SILV samt Gen med ont i SINE?
** Se inlägg från 2 oktober, Dimblått
*** Se inlägg från den 9 oktober, Vitt på vit botten?
Bodil Carlsson
tisdag 8 november 2011
söndag 6 november 2011
SÅ HÄR SÅG DET UT...
...för mindre än en vecka sedan. Nu är löven nere - någon bok står kvar med kappan på, men den har fått samma färg som gyllenläder och brons nu. Färgskalan är ny. De lysande löven är borta. Illröda lönn- och körsbärsblad blev beigebruna eller nästan svarta... det är bara säckarna som de knölas ner i som är illblå.
Det tar ett par dagar. Den gamle som planterade lönnarna och körsbärsträden har vår uppskattning under nästan hela året, men just den här veckan kan man ibland få impulser att fylla en lastkärra med skörden och åka ned till körrgårn och ... ähh. Vi lämnar det!
(Han brukar få ett par blommande körsbärsgrenar om våren.)
Avslutande översikt om vad vi ser ut att veta om merle idag - kommer under veckan, hoppas jag, en bit i taget. Man blir mör av mycket löv.
Bodil Carlsson
fredag 4 november 2011
Mild höst
Frostnupet grässtrå, uppvärmt av en ljum höstsol. En droppe som snart ska falla men som jag lyckades fånga innan den försvann för alltid.
Livet är en rad av ögonblick som aldrig kommer tillbaka, men också en rad av ögonblick som ska komma.
Jag tillhör en av de lyckliga som arbetar hemifrån. Varje förmiddag tar jag med hundarna, och ibland kameran, och ger mig ut i naturen där jag bor. De mest fantastiska saker sker i denna natur när man kryper nära inpå, eller står en bit ifrån. Som den lilla enkla vattendroppens sista stund, eller som dimmornas dans i skogen:
Det är lätt att känna sig liten i naturen. Man vet vilka krafter den kan uppbåda, men också vilken läkare den kan vara för vilsegångna själar. Djupt inne i oss människor, stadsbo som lantbo, finns nog en kärlek till naturen och dess olika skådespel. Vem trodde till exempel att ett kalhygge kunde ha ett poetiskt skimmer över sig? Inte jag - tills jag såg detta:
Alla läsare tillönskas en skön helg i naturen. Glöm inte att förundras!
Johan Nilsson
SVARET FRÅN GEORGE STRAIN
RE: Confounded
George M Strain
Till Bodil Carlsson
I’m not a statistician myself. However, I think that part of the problem is that they are trying to quantify the contributions of various phenotype components to deafness, but I think that logistic regression models are based on an assumption that the various factors being included in the model are independent; so-called interaction terms are meant, I believe, to show how much they are inter-related. The items they modeled are highly inter-related, or likely caused by the same base genetic factor(s). I don’t think they can say, if indeed they do so, that a white head is more of a risk for deafness than the presence of the merle gene. The white head could be due to merle or recessive S alleles or both. We don’t know.
I agree that there is no way that they can justify the statement that “S locus is not thought to be involved in the regulation of deafness in Border Collies”. I would argue that they are absolutely wrong on that. Otherwise, how do we get deafness in BC that don’t carry merle.
________________________________________________
George M. Strain
Professor and Interim Head
Comparative Biomedical Sciences
Louisiana State University School of Veterinary Medicine
Baton Rouge, LA 70803
Voice 225-578-9758 Fax 225-578-9895
George M Strain
Till Bodil Carlsson
I’m not a statistician myself. However, I think that part of the problem is that they are trying to quantify the contributions of various phenotype components to deafness, but I think that logistic regression models are based on an assumption that the various factors being included in the model are independent; so-called interaction terms are meant, I believe, to show how much they are inter-related. The items they modeled are highly inter-related, or likely caused by the same base genetic factor(s). I don’t think they can say, if indeed they do so, that a white head is more of a risk for deafness than the presence of the merle gene. The white head could be due to merle or recessive S alleles or both. We don’t know.
I agree that there is no way that they can justify the statement that “S locus is not thought to be involved in the regulation of deafness in Border Collies”. I would argue that they are absolutely wrong on that. Otherwise, how do we get deafness in BC that don’t carry merle.
________________________________________________
George M. Strain
Professor and Interim Head
Comparative Biomedical Sciences
Louisiana State University School of Veterinary Medicine
Baton Rouge, LA 70803
Voice 225-578-9758 Fax 225-578-9895
torsdag 3 november 2011
Bäste professor Strain... Förvirrande faktorer?
From: Bodil Carlsson [mailto:eiriasverchjanis@hotmail.com]
Sent: Tuesday, November 01, 2011 3:37 PM
To: George M Strain
Subject: förvirrad
Bäste professor Strain,
Beklagar att jag förföljer dig med okunniga frågor, men jag är förbryllad igen. Jag har just avslutat läsningen av den fullständiga studien om Border Collies från 2006 av Platt, Freeman et al, Förekomsten av ensidig och dubbelsidig dövhet etc. Jag förstår fullt ut vad du redan sagt om att de ingående hundarna inte genotypades och delar nu din uppfattning att detta är allt annat än ett obetydligt problem. Om ingen genotyp, hur vet vi vad vi talar om? Hur vet vi vad det är vi ser?
Det som särskilt stör mig är detta. I det sista stycket i Skattning av förekomst säger författarna: "resultaten från generaliserad logistisk regression pekar på den höga risken för dövhet hos border collies med merle pälsfärg (förekomst 7,9% , övre gräns för 95% konfidensintervall 13,3%) , blå ögon (förekomst av dövhet 9,3% med 1 blått öga och 23,9% med 2 blåa; motsvarande övre 95% konfidensgräns 15.7 respektive 40.0%) eller överdrivet vitt på huvudet (förekomst av dövhet 36,3% med övre konfidensintervallgräns på 55,3%")
Jag är obekant med finesserna i logistiska regressionsmodeller. Men jag läser det här som att dövhet hos fenotypisk merle fanns hos 7,9%... medan dövhet hos det genotypisk oidentifierade fenotypiska draget "överdrivet vitt", mer än 50% vitt på huvudet, förekom väldigt mycket oftare - ???
Med andra ord såg man två andra fenotypiska drag som medför en HÖGRE risk för dövhet än fenotypisk merle? Och även om vart och ett av dem KAN vara ett uttryck för genen för merle, kan vart och ett av dem också vara ett uttryck för en allele av S, eftersom författarna samtidigt påstår att "alla border collies är homozygota för allellerna sw och sp" och därefter drar slutsatsen att "S-locus inte anses vara in påverka förekomsten av dövhet hos Border Collie". Hur kan man dra den slutsatsen?
Jag skulle väldigt gärna ha velat se för det första hur genotyperna M och m sammanföll med dövhet och för det andra och lika mycket hur genotypade S-alleler sammanföll. Är jag helt ute och cyklar när jag tänker så?
Än en gång mycket tacksam om du har tid och tålamod att svara.
Med bästa hälsningar
Bodil Carlsson
Sent: Tuesday, November 01, 2011 3:37 PM
To: George M Strain
Subject: förvirrad
Bäste professor Strain,
Beklagar att jag förföljer dig med okunniga frågor, men jag är förbryllad igen. Jag har just avslutat läsningen av den fullständiga studien om Border Collies från 2006 av Platt, Freeman et al, Förekomsten av ensidig och dubbelsidig dövhet etc. Jag förstår fullt ut vad du redan sagt om att de ingående hundarna inte genotypades och delar nu din uppfattning att detta är allt annat än ett obetydligt problem. Om ingen genotyp, hur vet vi vad vi talar om? Hur vet vi vad det är vi ser?
Det som särskilt stör mig är detta. I det sista stycket i Skattning av förekomst säger författarna: "resultaten från generaliserad logistisk regression pekar på den höga risken för dövhet hos border collies med merle pälsfärg (förekomst 7,9% , övre gräns för 95% konfidensintervall 13,3%) , blå ögon (förekomst av dövhet 9,3% med 1 blått öga och 23,9% med 2 blåa; motsvarande övre 95% konfidensgräns 15.7 respektive 40.0%) eller överdrivet vitt på huvudet (förekomst av dövhet 36,3% med övre konfidensintervallgräns på 55,3%")
Jag är obekant med finesserna i logistiska regressionsmodeller. Men jag läser det här som att dövhet hos fenotypisk merle fanns hos 7,9%... medan dövhet hos det genotypisk oidentifierade fenotypiska draget "överdrivet vitt", mer än 50% vitt på huvudet, förekom väldigt mycket oftare - ???
Med andra ord såg man två andra fenotypiska drag som medför en HÖGRE risk för dövhet än fenotypisk merle? Och även om vart och ett av dem KAN vara ett uttryck för genen för merle, kan vart och ett av dem också vara ett uttryck för en allele av S, eftersom författarna samtidigt påstår att "alla border collies är homozygota för allellerna sw och sp" och därefter drar slutsatsen att "S-locus inte anses vara in påverka förekomsten av dövhet hos Border Collie". Hur kan man dra den slutsatsen?
Jag skulle väldigt gärna ha velat se för det första hur genotyperna M och m sammanföll med dövhet och för det andra och lika mycket hur genotypade S-alleler sammanföll. Är jag helt ute och cyklar när jag tänker så?
Än en gång mycket tacksam om du har tid och tålamod att svara.
Med bästa hälsningar
Bodil Carlsson
DEAR PROFESSOR STRAIN... Confounded by factors?
From: Bodil Carlsson [mailto:eiriasverchjanis@hotmail.com]
Sent: Tuesday, November 01, 2011 3:37 PM
To: George M Strain
Subject: Confounded
Dear Prof. Strain,
I´m sorry to plague you with ignorant questions once again, but once again I´m baffled. I have just read the full report of the 2006 Border Collie study by Platt, Freeman et al, Prevalence of Unilateral and Bilateral Deafness etc. I fully appreciate what you said about the dogs included not being genotyped and share now your view that this is anything but a minor problem - if no genotype, how do we know what we are talking about? How do we know what it is we see?
What disturbs me is this. In the concluding paragraph on Prevalence Estimates, authors say: "the generalized logistic regression results emphasize the high risk of deafness for BC:s with a merle coat (prevalence of of 7.9%, upper 95% confidence limit of 13.3%), blue eyes (prevalence of 9.3% for 1 blue eye and 23.9% for 2 blue eyes; corresponding upper 95% confidence limits of 15.7 and 40.0 respectively) or excess white on the head (prevalence of 36,3%, upper confidence limit of 55.3%.)"
I´m not familiar with the intricacies of logistic regression models. But I read this as meaning that deafness in phenotypic merle was present in 7.9 with an upper probability limit of 13.3% ... whereas deafness in the genotypically undefined phenotypic sign of "excess white", meaning more than 50% of head white, was present very much more often - ???
I e, there are two other phenotypic traits which carry a higher risk than phenotypic merle, and although each one of them MAY be an expression of the merle gene, each one may also be the expression of an S allele, as authors also claim that "all Border Collies are homozygous for the sw and sp alleles" and then conclude "that the S locus is not thought to be involved in the regulation of deafness in Border Collies." How can one conclude that?
I would very much have liked to see, first, by genotype how M and m corresponded with deafness and at least as much how genotyped S alleles corresponded. Am I totally off the track in thinking this?
Once again, very grateful if you have the time and patience to answer.
Regards,
Bodil Carlsson
confounding factors: uttryck för en form av begreppsförvirring i en studie, där saker som man tror är oberoende av varandra i själva verket hänger ihop, eller där ett speciellt urval av försökspersoner ell likn ger resultat som inte gäller om man hade valt att titta på ett större eller annorlunda urval. Här lite av en ordlek, för antingen är studien eller jag, som frågar, confounded av faktorerna jag frågar om.
Sent: Tuesday, November 01, 2011 3:37 PM
To: George M Strain
Subject: Confounded
Dear Prof. Strain,
I´m sorry to plague you with ignorant questions once again, but once again I´m baffled. I have just read the full report of the 2006 Border Collie study by Platt, Freeman et al, Prevalence of Unilateral and Bilateral Deafness etc. I fully appreciate what you said about the dogs included not being genotyped and share now your view that this is anything but a minor problem - if no genotype, how do we know what we are talking about? How do we know what it is we see?
What disturbs me is this. In the concluding paragraph on Prevalence Estimates, authors say: "the generalized logistic regression results emphasize the high risk of deafness for BC:s with a merle coat (prevalence of of 7.9%, upper 95% confidence limit of 13.3%), blue eyes (prevalence of 9.3% for 1 blue eye and 23.9% for 2 blue eyes; corresponding upper 95% confidence limits of 15.7 and 40.0 respectively) or excess white on the head (prevalence of 36,3%, upper confidence limit of 55.3%.)"
I´m not familiar with the intricacies of logistic regression models. But I read this as meaning that deafness in phenotypic merle was present in 7.9 with an upper probability limit of 13.3% ... whereas deafness in the genotypically undefined phenotypic sign of "excess white", meaning more than 50% of head white, was present very much more often - ???
I e, there are two other phenotypic traits which carry a higher risk than phenotypic merle, and although each one of them MAY be an expression of the merle gene, each one may also be the expression of an S allele, as authors also claim that "all Border Collies are homozygous for the sw and sp alleles" and then conclude "that the S locus is not thought to be involved in the regulation of deafness in Border Collies." How can one conclude that?
I would very much have liked to see, first, by genotype how M and m corresponded with deafness and at least as much how genotyped S alleles corresponded. Am I totally off the track in thinking this?
Once again, very grateful if you have the time and patience to answer.
Regards,
Bodil Carlsson
confounding factors: uttryck för en form av begreppsförvirring i en studie, där saker som man tror är oberoende av varandra i själva verket hänger ihop, eller där ett speciellt urval av försökspersoner ell likn ger resultat som inte gäller om man hade valt att titta på ett större eller annorlunda urval. Här lite av en ordlek, för antingen är studien eller jag, som frågar, confounded av faktorerna jag frågar om.
onsdag 2 november 2011
RESPEKT
Jag vilar mig med att läsa McCaig. Han får mig att känna mig hemma. Lite konstigt är det, för jag har ju aldrig bott på en jättefarm med ödslig mark i Virginia (eller någon annanstans) och har aldrig haft arbetande hundar. Ändå läser jag med ett igenkännande en lång berättelse om hur McCaig hjälper sina grannar att flytta sin fårhjord ner från alpängarna längs stenrösutmärkta stigar där bokstavligen bara får, hundar och bergsvana hästar tar sig fram. Hösten är på ingång, coyote och björn är sugna på stek inför vintern, fåren måste ner till farmen igen innan snön stoppar alla vandringsvägar och without the dogs, it wouldn´t be possible.
Border collies och aussies föser fåren: avläggare av ursprungscollien. Herdehundarna – maremma, anatolisk herdehund – är spanpatrullerna i utkanten. Om natten skäller de oupphörligt för att markera revir mot smygande köttätare. Till sist är alla hemma igen. Urgamla pensionerade tiken Ginger möter sina utsjasade avkommor. Grannen säger: ”Old Ginger gets real upset. She knows when I´ve been working sheep with the other dogs. When I come home, she´ll have hidden all the dog dishes.”
* * *
En defektgen tog livet av McCaigs Moose. Tro inget annat! Någonstans i dubbelspiralen gömde sig genen som avgjorde att just den hunden skulle få just den typen av cancer vid den åldern i stället för att leva i två eller tre år till och åka dit på något annat. Så hur ska man se på det?
Man kan titta på den genen. Eller man kan titta på alla de andra generna, som skapade hundens samarbetsvilja och hjärta. Som gjorde att han hoppade ut på sina tre ben den sista kvällen för att hjälpa McCaig med fåren. Som fick honom att göra något av sitt liv, så länge han hade det.
Man kan tänka på McCaig. På hela den långa kedjan av människor, som hade gåvan att förstå och känna samhörighet med hundar och välja ut de bästa att bilda flock med. Vilka tror ni har betytt mest för vår överlevnad som art: de som byggde pyramiderna eller de som lyckades utveckla arbetande hundar?
Jag vet vilka jag satsar på. Så det är inte till pyramidbyggarnas ära som jag sliter med att försöka förstå forskningsrapporterna om färgen merle.
Bodil Carlsson
Border collies och aussies föser fåren: avläggare av ursprungscollien. Herdehundarna – maremma, anatolisk herdehund – är spanpatrullerna i utkanten. Om natten skäller de oupphörligt för att markera revir mot smygande köttätare. Till sist är alla hemma igen. Urgamla pensionerade tiken Ginger möter sina utsjasade avkommor. Grannen säger: ”Old Ginger gets real upset. She knows when I´ve been working sheep with the other dogs. When I come home, she´ll have hidden all the dog dishes.”
* * *
En defektgen tog livet av McCaigs Moose. Tro inget annat! Någonstans i dubbelspiralen gömde sig genen som avgjorde att just den hunden skulle få just den typen av cancer vid den åldern i stället för att leva i två eller tre år till och åka dit på något annat. Så hur ska man se på det?
Man kan titta på den genen. Eller man kan titta på alla de andra generna, som skapade hundens samarbetsvilja och hjärta. Som gjorde att han hoppade ut på sina tre ben den sista kvällen för att hjälpa McCaig med fåren. Som fick honom att göra något av sitt liv, så länge han hade det.
Man kan tänka på McCaig. På hela den långa kedjan av människor, som hade gåvan att förstå och känna samhörighet med hundar och välja ut de bästa att bilda flock med. Vilka tror ni har betytt mest för vår överlevnad som art: de som byggde pyramiderna eller de som lyckades utveckla arbetande hundar?
Jag vet vilka jag satsar på. Så det är inte till pyramidbyggarnas ära som jag sliter med att försöka förstå forskningsrapporterna om färgen merle.
Bodil Carlsson
Prenumerera på:
Inlägg (Atom)